指南宮認為，北二高木柵隧道上方有25筆土地是指南宮所有，這25筆土地風水地理位置極佳，經投入大筆經費整地後，1990年原要興建「指南宮地藏王寶殿附設靈灰堂暨停車空間」，但隔年政府未經地主同意，在地下蓋隧道，完工後隧道車輛川流不息通行，將使往生者一刻不得安寧，嚴重破壞良好地理風水，影響民眾將往生者靈灰寄奉地藏王寶殿意願，相關工程已無法繼續，指南宮要求政府徵收這25筆土地所有權並賠償整地費用。
高公局則認為，木柵隧道位於指南宮土地下方80公尺，完全不影響土地使用，拒絕徵收及補償，指南宮提行政訴訟後，最高行政法院認為，依據《土地徵收條例》第11條等規定，認定徵收土地是政府權利，人民無權要求政府徵收土地，高公局拒絕徵收補償並無違誤，判指南宮敗訴確定，指南宮認為《土地徵收條例》對民眾保障不足，聲請大法官解釋。
大法官會議認為，指南宮案適用法律為《土地徵收條例》第11條，但此案與《土地徵收條例》第57條第1項有關，因此將2個條文合併觀察後，認定這2條文的確對人民財產權保障不足，已屬違憲，但大法官認為，應視政府工程範圍徵收土地使用權利，若建設僅穿越民眾土地上空或下方，土地所有權人還是可以做相當的土地使用時，國家就不應徵收民眾土地所有權，而是徵收土地上方或下方一部分範圍的使用權。
司法院指出，指南宮案是發生在2010年前，當時只有土地所有權及地上權的規定，2010年後《民法》已增訂第841條之1增加區分地上權規定，也就是指土地的下方或上方一定的範圍的使用權利，內政部也對此訂出徵收補償辦法，若政府使用民眾土地下方0至13公尺，補償費用是地價的5成，13至16公尺則是4成，24公尺以上則是百分之5。
司法院祕書長呂太郎表示，指南宮可以在此解釋後3個月內，向政府請求徵收土地地上權，相關機關也應在1年內依解釋意旨完成修法；指南宮委任律師謝良駿指出，將會再與當事人研究如何爭取應有權利。
