據本刊調查，馬英九答辯策略鎖定三大主軸，一是指2013年8月31日黃世銘向他報告關說案時，已說明是行政不法，並無刑事不法，他再向時任行政院長江宜權說明此事，未涉洩密偵查機密。其次是2013年9月時，他僅是基於行政倫理，認為涉入關說案的法務部長是行政院所屬機關首長，因此請黃世銘向當時江宜樺報告，但並未要求黃世銘向江宜樺報告機密事項，最後馬英九仍是以「大是大非」，是為維護司法純淨空間而處理「世界級的關說醜聞」，強調沒有犯罪意圖。
但檢方認為起訴均有證據，因馬英九曾任法務部長，且為法學博士，深知總統職權與司法權界限，但卻僅因理念不合，要讓前立法院長王金平離開院長一職，2013年8月31日獲黃世銘報告，得知特偵組針對王金平是否涉及關說案正偵查中，即洩漏相關偵查機密給當時行政院長江宜樺等人，且教唆黃世銘另向江宜樺報告偵查機密，檢察官認定，馬英九在黃世銘交付的書面報告上，關於後續偵查作為部分用紅筆劃線，可證明已有犯意，檢察官非用傳聞來推論犯罪，所以對於馬遭判有罪，檢方深具信心。
檢方已沙盤推演三大招因應，檢察官已開會針對馬英九可能答辯方向加強攻擊火力，並就律師團日前質疑的幽靈判決或起訴馬的犯罪動機加強論述，其次是強化偵查與起訴一體，由曾經在2007年起訴馬英九貪汙特別費的主任檢察官周士榆及梁光宗支援公訴蒞庭。最後檢方也將以蒐集自歐盟及美國憲政、司法體制等資料，提出總統不得干預司法的界線，適時提出其他證據佐證。
