台灣與對岸的航班，10日起雖多數已停航，但仍留下往返北京首都機場、上海浦東及虹橋機場、廈門高崎機場及成都雙流機場5條航線。此外，被台灣納入疫情一級流行區的除了武漢所在地湖北省，目前只有廣東省。
為了入境追蹤花費大量人力物力，邊境管理是否應再加強？17年前的抗煞專家、前疾管局長蘇益仁表示，目前主要的疫區在中國，台灣只對湖北及廣東省採一級防疫，北京、上海等主要城市仍可對飛，3月上旬的防疫關鍵期前有必要評估是否升高管制，但因兩岸航線牽涉政治、經濟問題，若提早拉緊管制，經濟損失、政治代價都要審慎評估，政府必須備有多套劇本因應，不能被動「被疫情追著打」。
台灣感染症醫學會理事長、台大醫院兒科主任黃立民則表示，要不要對中國全面停航，是防疫與經濟的兩難，當然可以全面停航、鎖國，但一來會衝擊既有的兩岸產業及經濟，二來能擋多久？若中國繼續出現病例、甚至東南亞疫情也擴大，難道也要全面封鎖東南亞航線？
行政院官員及參與邊境檢疫的防疫醫師皆表示，我方目前採「有限制的圍堵策略」，一是減少高風險感染地區民眾入境，另也呼籲民眾減少出境再返台的染病風險。
他們指出，當出入境管制升級後，2週內曾入境、居住中國的外籍人士已禁止來台，儘管仍留有與中國對飛的5航線，但已提高入境門檻、返台須居家檢疫2週，目前來台旅客數已減少，除紓緩航空人員及檢疫人員的壓力，也已相當程度的阻絕病毒於境外。
