相對於國外開始大量篩檢找出任何可能感染者，台灣仍維持低篩檢量，且強調本土案例少。當天，中時記者於記者會質問「為何不大量篩檢、是否營造無社區傳播的『假象』」，會後遭到肉搜。
「該媒體的提問或許有惡意，卻是重要的。」劉紹華說，台灣已有社區感染個案，加上檢疫量低，難保沒有疏漏，「且台灣既不大量篩檢，亦不實施嚴格隔離政策，不上不下的狀況，恐怕會出問題。」
事實上，本地個案是否真如指揮中心所言「那麼少」，實有商榷餘地。若回溯白牌司機案例，其確診後隔天，司機的外甥女婿也確診。媒體曾質疑，兩人發病日僅差一天，是否代表有其他社區感染源。張上淳僅說，「潛伏期僅適用多數個案，偶爾還是會有例外。」仍認定傳染途徑為「姜勝男—白牌司機—外甥女婿」。
但以此原則比對案44例自菲律賓返後確診的男子就有矛盾。案44例與友於2月28日到3月3日造訪菲國友人，3月2日出現症狀。菲律賓衛生部長杜克質疑，就潛伏期來說，大部分病例要6到7天才會發病，案44第4天就發病，應是在台感染。指揮中心卻以「2人互傳要發病平均需間隔4天，案44與友人僅間隔1天機率太低」反駁，強調此案是境外移入。
又如案88，最初公布其發病日為2月14日，當日個案正要出國。指揮中心後來改口其發病日為3月6日，將案88判定為境外感染。問為何更改？指揮中心表示「2月14日僅有咳嗽，3月6日才發燒」。追問「咳嗽也是症狀，其餘個案是否也以發燒為基準」？指揮中心僅答「個案判定」，便不再回應「判定原則」。
根據國衛院統計，確診病人發病後到確定驗出陰性，中位數是19.5天。1月21日發病後還跑去舞廳的高雄台商，目前仍因病毒量高隔離於負壓病房。3月30日也爆出一名曾多次就診卻遲至一個月後才被確診的個案。一位醫藥記者觀察：「這顯示我們對病毒的掌握仍不全面，指揮中心卻輕忽檢視不明感染源背後的危機，為了要證明個案全是境外移入，選擇性使用科學解釋。」
