投入病毒變異研究，廖俊智表示，基因體變異對病毒株適應當地環境具有關鍵影響，可能改變病毒傳播的特徵、疾病的表現以及疫苗功效。全球研究單位自疫情爆發後，都致力研究病毒變異狀況。
例如3月初，中國科學院期刊《國家科學評論》（National Science Review）一篇論文先是指出，新冠病毒已演化出L和S兩種亞型。接著，英國劍橋大學和德國研究人員本月8日在《美國國家科學院院刊》（PNAS）的研究指出，病毒基因突變全球已有3類型，包括中國湖北省武漢市、美國和澳洲常見的最原始A型、武漢最普遍的B型及透過新加坡肆虐歐洲的衍生C型。
「但這些已不足以分析目前病毒變異的狀態。」由廖俊智帶領中研院統計所長陳君厚、研究員楊欣洲的團隊，四月初自「全球共享流感數據倡議組織」（GISAID）抓取了全球各地共1932株最新的病毒基因序列，初步發現，病毒演化至今可歸納出亞洲一、亞洲二、歐洲一、歐洲二、美洲、大洋洲／亞洲型共6類型，研究成果領先全球。
然而，掌握病毒變異的狀況，與後續藥物、疫苗的開發能不能「對症下藥」息息相關。廖俊智指出，分析病毒序列的變異性，將會是病毒檢測、臨床治療、藥物設計和疫苗開發過程中，避免「標靶轉移」的重要關鍵。
他具體建議，就像流感有分A、B等類型，武漢肺炎有可能也演化出好幾型，防疫下一步，除了普篩之外，治療病毒感染的最終手段，每個病人都應抽取檢體，藉以分析他的病毒序列，「這樣才知道病毒有哪些變異性，並根據變異性來採取治療對策，我們最終目標是這個」。
廖俊智團隊這份研究報告是以中國原始病毒株作為分析基準，近期將與全球分享，並準備投稿國際期刊審查，本刊披露的內容則是論文預印本（pre-print）的初步研究結果。廖俊智說，團隊從4月1日取得病毒序列資訊之後，便與時間賽跑，日以繼夜跑統計、做研究，「我看有人每天睡覺不會超過2小時！」
