截至21日為止，依照北市府統計，北農已有20名員工及18名批發市場、零批場攤商確診，負責協助北農包裝蔬果的派遣工也傳有7人確診，北農群聚案已累計45人確診，但北農高層卻遲至6月18日才大消毒，導致內部感染進入第三波。
本刊調查，五月中旬萬華第一波疫情傳出後，5月20日北農就有第一名確診個案，市府要求北農進行回朔疫調，要求接觸確診者的員工匡列，北市藍綠議員就不斷接到北農隱匿疫情的陳情，但北農高層卻認知，染疫的派遣工是屬於家戶感染，也不是北農正式員工，在等待丈夫篩檢結果時仍持續上班，北農僅已要求接觸員工隔離，但內部訊息不透明，早已讓員工人心惶惶。
員工向本刊爆料，有員工接到疫調電話時，竟以「我才跟他說話不到15分鐘」，而且都有戴口罩為由，拒絕被匡列，更離譜的是，幹部竟將該員工直接跳過，沒列入匡列隔離名單。5月28日供應中心一位副課長確認染疫，由於該員工常會開車載運包裝作業員到北農上下班，這波疫情才正式浮出檯面，經快篩後這波共6人確診。
五月底的疫情告一段落後，6月上旬又再度發生第二波疫情，這次疫情延燒到第二市場，本刊掌握一份北農總公司4樓營業部「營業部果菜包裝物流中心」染疫名單，在6月中旬端午連假以前，就有近20位員工（含派遣工）染疫或疑似染疫。
據了解，一位早班員工確診後，陸續在一週內又爆發另外6例確診，到了端午連假期間又有多位員工陸續確診，研判已爆發第二、三波感染。內部人士說，4樓的感染者中就有近半數是派遣工，在北農內部匡列接觸者遺漏派遣工的狀況下，也導致隱形的防疫破口。
參與疫調的衛生局官員直言，4樓確診的人員，幾乎都是營業部果菜包裝物流中心的工作人員，這些中高齡居多的派遣工，進場時都會遵守北農的感控原則，但該區域恆溫空調，加上空間密閉，只要有人確診，的確會形成傳播源，疫調過程中也意外發現，人員雖然口罩整天都戴著，但中午吃便當時，卻不乏群聚在小房間內聊天，後來疫調時才發現，有確診者的接觸傳播鏈，才查出破口就在這些小細節。
曾在北農工作的資深媒體人焦鈞表示，4樓營業部供應中心主要負責運送給全聯等商家的蔬菜包裝工作，過去每天平均約有100人工作，但近一年人力裁減後，平均每天僅80人包裝，但端午連假前果菜包裝需求量大增，加上疫情爆發後冷凍區4樓淪為破口，可見內部員工恐慌程度之高。
焦鈞質疑，既然5月底就有營業部員工染疫，為什麼北農高層不立即封廠大清消，安排4樓員工全數快篩，而是直到近期媒體接獲爆料後，才在上週五（6月18日）緊急大清消；甚至在公司內部訊息不夠清楚的狀況下，導致北農管轄的2個蔬果批發市場，疫情相關各種傳言不斷，造成員工心理極大壓力，這波防疫疏失，北農管理階層難辭其咎。
