民眾黨立委賴香伶今針對台灣疫苗採購一事提出質疑，認為政府先前一直喊話有「超前部署」，但是現在大多疫苗的到貨卻是靠他國捐贈，疫苗合約也無法供國人檢視，認為政府在採購上恐怕有「意識形態」。
對此，陳時中則解釋，每個疫苗的採購合約都有5到10年不等的保密要求，合約不會永遠是祕密，只是這個階段需要保密，只要預算執行完畢、疫苗都抵台，若是司法、監察機關或立法院要求調查，且「一定時間內他們（指疫苗廠商）同意」，若已不妨礙疫苗來台，政院就願意提供；蘇貞昌也補充說，由於政府明後年都還要買疫苗，現在世界上也都在搶疫苗，希望疫苗能夠進來就不願冒現在違約的風險。
有關採購流程，陳時中則稱，現在是因為BNT疫苗已經上市，數據標準達到效果，而政府考量到分散風險原則，所以願意採購BNT，但去年8、9月事實上是「沒有人敢買」。陳時中也稱，當時東洋公司要求政府買3,000萬劑，只是商業談判沒有成功，但買疫苗絕對沒有什麼意識形態，也沒有慢。
隨後賴香伶追問，之前曾說過有在談台灣疫苗代工的事項，此事是否有新進度？對此陳時中則稱，還在談、不敢講有沒有機會，也不願透露疫苗廠牌；讓賴香伶怒批，陳時中這樣壟斷國人知的權利。
另外，時代力量立委陳椒華今也質疑，指揮中心放寬機組員「3+11」檢疫政策，造成16,000人確診、800多人死亡，卻至今仍稱沒有會議記錄，行政機關如此作為，恐難博取人民信任，也不夠嚴謹與負責。
對此，陳時中回應，由於就沒有會議記錄，決策過程就是大家向自己面報後，他做決定並向外界報告，因此再問幾次都一樣，也無法憑空捏造出來。陳時中亦稱，指揮中心很多會議都沒有紀錄，如果按照陳椒華想要的方法，會每天都在寫會議紀錄、從早寫到晚，「指揮中心運作不了」。
蘇貞昌也稱，行政首長每天有很多會議要開，不是每個都能夠做紀錄，立院的紀錄是議事錄，政院則是決議錄，兩者不相同，有時候首長們找人來討論意見，形成共識後就付諸實行，並不會留下紀錄。
此外陳時中與蘇貞昌也共同澄清，認為3+11並非造成台灣疫情破口的原因，有關該案指揮中心檢驗了1,790人，但證明與社區無關，因此陳椒華稱3+11造成萬人確診、上百人死亡是不當聯結，不能做此結論。
