1位已經離職的蘋果資深員工說，台蘋設有資訊統籌中心，接受民眾投訴爆料；甫創刊時，基於台蘋鮮明的反共色彩，有不少批判中共或與中國有關的爆料進到報社。投訴者可能是台商、中國人、台灣學生、陸生等，投訴內容上從控訴中共政權不法，下至地方商業糾紛都有；這些投訴會從資訊統籌中心發派給各相關路線記者查證，採訪內容無論是否出刊，都會回復資統並建檔、存留光碟。
台灣《壹週刊》則設有研究資料中心，長年整理台灣名人個資檔案，掌握這些資料，就能掌握台灣政商往來的脈絡細節。這些資料在台灣《壹週刊》停刊後，仍留存至今。
此外，台蘋資料一旦易主，還可能曝光匿名社論撰寫者。1名關切台蘋的學者舉例，台大校長管中閔擔任經建會及國發會主委期間，在台灣《壹週刊》匿名寫評論，被監察院認定違法兼職予以彈劾，公懲會也判決申誡處分；但在公懲會合議庭上，《壹週刊》都未透露管中閔到底寫過哪幾期社論。
這名學者表示，一家恪遵倫理規範的媒體，不會透露新聞來源與匿名作者的相關訊息；但若從公司的稿費支付時間、對象追查，就能清楚知道是誰匿名寫哪幾期社論，且從記者與報社的溝通訊息，也可一窺部分新聞的消息來源。他說，一旦這些行政資料落入中國手中，且新聞、評論內容被認定有「分裂國家」「顛覆國家政權」意圖，記者、消息來源、社論作者恐都難逃《國安法》魔掌。
台蘋光在去年下旬，就透過兩波大量解雇，資遣五百多名員工，加上香港高層被捕、創刊主管與資深員工陸續離職，使公司產生訊息斷層。前蘋果員工說，五百多名離職員工的電腦一直堆在公司，就連IT人員都被資遣，「到底誰有空去清那些電腦資料」。
政府知情人士表示，過去大家基於對壹傳媒集團、黎智英的信任，把爆料資料給《蘋果》、匿名在《蘋果》撰寫批判中共政權的文章；未來如果台蘋經營權移轉，「信任無法轉移」。就算《蘋果》掌握的爆料資料無涉國安，僅是私人醜聞，也難保這些資料落入所謂境外敵對勢力或其關係緊密者手中，不會讓被爆料者因此受到要挾，做出危害國安的行為。
另名政府官員也說，一旦《蘋果》的資料為北京所用，不只有可能藉此羅織罪名，也可能被變造為假訊息散播，真假摻雜，一般人難以辨別，恐擾亂台灣輿論環境。
為防範資料外洩，政府跨部會討論因應之道，但因台蘋是私人公司，政府欲關切此事面臨重重困難。知情人士強調，台灣是民主法治國家，首先要思考有哪些法律工具可運用，其次還要考慮政府與媒體互動的分際，避免侵犯第四權；媒體人出身的文化部長李永得在交換意見過程中，就很明確表示，政府不應直接將手伸進媒體。
最後執政團隊決定，由文化部發函台蘋，要求台蘋應拒絕香港法院及指定清算（盤）人指令及要求，並且主動或依當事人請求後銷毀保有個資，「不得跨境傳輸所保有的所有個人資料」。
