王船既然是船，怎會用燒的？林茂賢解釋，當瘟疫橫行，王爺是玉皇大帝派來「代天巡狩」的神明，王船則有「遊天河」跟「遊地河」2種儀式，前者燒掉，後者直接在水邊施放，根據文獻，過去王船通常是遊地河，但民間有一傳說是，王船若漂到哪、瘟疫就會流行到哪，因此後人為了避免王船施放後又漂到其他地方造成瘟疫，有的地方才會採焚化方式燒王船。
王船習俗也有禁忌。林茂賢說，燒王船意義在於「和瘟押煞」，先和平勸離瘟疫，若不走的話就強制要它離開，因此當王船點燃、把香插在海邊後，就要「掩旗息鼓」，民眾要靜靜地離開、切忌回頭，否則瘟疫會以為大家捨不得它。
他表示，燒王船是台灣重要文化資產，通常「三年一科」，有些地方甚至10、20年以上才一次，因瘟疫不會每年流傳，所以不會每年都燒，對環保的衝擊是可忍受的，應視為文化特例；有人可能認為是迷信，但現代觀點來看意義有二，一是象徵送走瘟疫，可撫慰民心、消除恐慌，二是透過祭儀宣導防疫，提醒民眾要注重環境衛生，就像缺水時的祈雨儀式，也可宣導節約用水，為傳統民俗賦予新的時代意義。
