扁的國務機要費案纏訟逾15年，除扁本人外，總統府前副秘書長馬永成、總統辦公室主任林德訓亦因此案，一審分別遭判20年、16年，許多曾共同經歷陳水扁執政時期的綠營人士，提到「小馬、德訓」十幾年來的遭遇都替兩人不平。日前在財委會負責排審此案的綠委郭國文就曾在受訪時表示，馬永成、林德訓十幾年來為了國務機要費遭限制出境，至今未解除。
首長特別費、總統國務機要費曾使許多政治人物受牽連，包括前副總統連戰、行政院前院長吳敦義、前副總統呂秀蓮、前總統府秘書長陳唐山、前內政部長李逸洋等人。前總統馬英九也曾在2005年被綠營民代告發，控訴其以台北市長特別費醫治所領養的狗「馬小九」。2011年立法院修法增訂會計法99條之一，將朝野視為「歷史共業」的特別費除罪化。
當年修法，民進黨團主張將機要費納入，但國民黨團反對，最後三讀通過的條文規定「中華民國95年12月31日以前，各機關支用之特別費，其報支、經辦、核銷、支用及其他相關人員之財務責任均視為解除，不追究其行政及民事責任；如涉刑事責任者，不罰」。
民進黨立委蔡易餘在本屆立法院再提會計法修法，今天立院三讀通過的條文，在現行條文中加入「國務機要計畫費用」8字，正式將國務機要費納入除罪範圍。
不過，國民黨團猛烈抨擊民進黨為扁貪汙脫罪，欲杯葛修法，藍綠委上午為搶奪主席台大打出手，民進黨立委洪申翰手指受傷，血濺議場。藍委在會議開始後更對主席台丟擲杯水，將主席座位後的國父遺像砸破一個洞。
