撰寫劇本前，編劇葉乃菁做了相關田調，最耗時間的是描寫逃獄的方法和寫實程度。她設計各種方式，參考大量逃獄新聞，並實地走訪監獄，了解囚犯的生活、動線和作息。她也造訪名嘴和媒體人，做為張孝全角色的背景依據。
劇本前後修改15次，導演陳奕甫也提供建議，反覆調整人物的設定和結構，希望在類型片的框架下顧及娛樂性，且辦案過程要合理。後來陳奕甫把角色的執念做為故事核心，並以此建立人物的根基。
葉乃菁表示，劇本改來改去會有盲點，於是請與打字人合作的編劇黃彥樵從不同角度梳理劇情，改後的版本讓她如獲新生；編劇協力陳怡方與張君涵也適時提供意見，讓葉乃菁感到很幸運：「故事是我發想的，但走到瓶頸時，他們在不同方向上幫了我。」
她與團隊還採用科學的方式輔助創作，以金馬編劇張家魯提過的方法，將寫實程度、類型風格分別設為XY軸，尋找故事的調性座標，為《罪後真相》定調。疫情期間他們向文化部申請紓困補助，與資策會數位服務創新研究所合作，由後者製作線上分析工具，葉乃菁取名為「編劇靈感地圖」。這套工具的版權歸打字人所有，但會對外開放給編劇使用
