洪申翰今在立法院質詢時提到，行政院雖然很快就推出性平三法的修法，但其中《性別工作平等法》問題最大、漏洞也最大，很大部分是因為《性別工作平等法》一開始的設計就出了問題這次審查法案必須補齊原本法律中的缺口。
洪申翰指出，院版草案第32條之2第5項明定，性騷擾之被申訴人為最高負責人或僱用人時，於地方主管機關調查期間，申訴人得向雇主申請調整職務，或留職停薪至調查結果送達雇主之日起30日內，雇主不得拒絕；性騷擾經調查屬實者，申訴人留職停薪期間之薪資，應予發給。對此洪申翰質疑，「如果老闆騷擾員工，員工提出申訴，那公司會叫老闆不要來上班，還是叫被騷擾的員工不要來上班？」
洪申翰表示，雖然可以理解院版草案的用意是要把兩位當事人分開，不要讓當事人接觸，但留職停薪期間公司可不替員工保勞、健保，若無相關配套，申訴人（員工）恐在權益上受到損害，在職場權力關係之下，公司很有可能給員工壓力，請申訴人留職停薪，而非被申訴人（雇主）。而在留職停薪期間員工不會有薪資，如果以調查期間2到3個月、及雙北市的生活費計算，該員工的戶頭要有超過10萬以上的存款，才有辦法接受被調查的時間留職停薪沒有薪水。
「沒有任何人可以要求他（申訴人），他不能被要求留職停薪，這個要不要留職停薪的選擇權在被害人。」針對上述疑問，許銘春部長澄清，現行草案是規定「得」，當初的設計考慮到若申訴期間申訴人要面對雇主（被申訴人）可能會感到為難。
部分法律學者表示，留職停薪代表勞動契約變更，通常是員工發生重大錯誤、違反勞動契約工作規則、受有期徒刑以上罪行，在選擇不解僱員工時，才會用留職停薪的方法，有點類似處罰的概念。洪申翰進一步詢問，在地方主管調查性騷擾事實期間，勞動部是否可以規劃申訴人能申請居家遠距工作，或是由政府提供留職停薪相關的救助津貼，讓申訴人留停期間有一些生活所得，才能免於部分經濟條件差的勞工，因為害怕留停期間無法維持生計，反而比別人少一個選項。對此勞動部長許銘春回應，會再研擬更細緻的機制。
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