繼中央政府總預算審查爭議後，各部會遭凍結預算是否能順利解凍，再度成為攻防焦點。國民黨上月底召開記者會批評民進黨「只造謠，不缺錢」，稱總預算已經公布一個月，卻沒有任何部會向立法院提解凍報告；民進黨則回應，立法院在藍白主導下，並沒有提出具體刪除、凍結總數，讓行政院只能先自行試算凍結金額，加上解凍條件複雜等原因，強調「行政院不是不送，而是根本無法馬上送」，兩方交鋒讓預算案再次燒上火線。爾後，行政院長卓榮泰便要求各部門儘速送出解凍案，針對不合理且違憲的總預算案提出釋憲，國民黨則表示「沒有爭議性案子，報告送來就能快速通關」。
預算解凍與否將實際影響到行政機關後續運作，READr 根據立法院中央政府總預算審查報告，試算各種解凍條件下各部會遭凍結金額，其中比「書面報告」更費時的解凍條件占了八成，分別是「專案報告且需經委員會同意」及「俟執行一定比例才能申請解凍，且需經院會同意」，公民監督國會聯盟執行長張宏林表示，若行政機關經費在預算解凍成功之前用罄，將導致政府運作停擺。
立法院各委員會正審議多項預算凍結案，例如 5 月 14 日外交及國防委員會討論國防部 54 案、11.2 億的預算解凍案，由於國民黨立委皆無人留下討論，由民進黨召委沈伯洋宣布委員會同意解凍，將送院會處理，通過解凍案包括新型步槍採購、營建工程預算、軍事裝備及設施等。
不過，國防部遭凍結金額最高的業務費 761 億，因解凍條件為「俟執行 30% 之後，始申請解凍，並需經院會同意後始得動支」，因此尚未解凍。卓榮泰 16 日表示，希望立法院儘速解凍，「國防預算，多凍結一天，國安威脅就會繼續擴大存在一天。」而其餘部會預算也必須適時快速解凍，才能在所剩的時間內完成年度預定計劃。
解凍需院會同意 民團：解凍難度高
根據立法院中央政府總預算審查報告試算預算凍結金額，僅需交書面報告就能解凍的項目數最多，有 1123 項，但這些凍結案涵蓋的金額卻最低，僅佔整體凍結金額 12%；專案報告且需經「委員會」同意的凍結金額佔 43%；俟執行一定比例才能申請解凍，且需經「院會」同意的則佔 39%。
行政院內部人士解釋，如果解凍條件是提交書面報告，可以直接排進委員會開會的議程，只要出席委員沒有異議，經費就能順利解凍；但若要求的是專案報告，必須等召集委員排案、安排行政機關專案報告，出席委員皆沒有意見，才能解凍經費，相對耗時。
此外，這次也新增許多要求「院會」同意才能解凍的案子，張宏林認為，立法院分成八個委員會，按照委員會中心主義，就是由委員會來處理預算解凍，「這也是分工的概念，大家時間有限，無法處理這麼多事情。」但今天要求經過院會同意才能解凍，「這等於是故意拖延時間，加上國眾兩黨有人數優勢，讓解凍難度更高。」
過去少見「俟執行一定比例才可以申請解凍」條件 行政院：會造成空窗期
解凍條件為「俟執行一定比例才能申請解凍，且需經院會同意」的凍結案雖然只有 15 筆，凍結金額卻佔整體將近四成，這 15 筆凍結案皆針對各部會的業務費，凍結比例為該單位業務費總預算的 30%、50%、70% 不等，凍結理由則多為「業務費執行尚有疑義」。
例如：
凍結國防部 761 億：有鑑於相關業務費執行規劃及達成目標與效益尚有疑義，考量政府債務逐年增加，為撙節開支，爰將國防部及所屬單位業務費凍結30%，俟執行30%之後始申請解凍，並需經院會同意後始得動支。
凍結總統府 2.4 億：考量政府政策規劃不彰，政府效能低落，業務督導不力，為撙節開支，爰將總統府單位預算案中編列之業務費，提案凍結70%，俟執行30%之後始申請解凍並需經院會同意。
該項凍結條件在過去鮮少出現，READr 用「俟執行」及「待執行」等關鍵字搜尋 109 至 113 年的預算審查相關議事錄皆沒有出現過這樣的解凍條件，而相關人士也透露，沒印象過去有這樣的解凍條件。
對於該項解凍條件所造成的困境，行政院內部人士表示，「申請解凍需要時間，不是今天丟個公文過去，就立刻解凍。」有些凍結 70% 業務費的案例，要求等到執行 30% 預算之後才能申請解凍，「代表我要把可以動支的經費都用完，才能申請解凍，那就會有段沒有經費可以動用的空窗期。」
預算審查爭議多 外界擔憂：解凍耗時影響機關運作
此次中央政府預算審查案充滿爭議，張宏林及行政院內部人士紛紛表示質疑，包括提案凍結預算理由不明確；審查過程架空委員會，在黨團協商時才提出大量刪減凍結案；解凍條件過於困難、耗時，導致機關執行預算空窗期，甚至有凍結案解凍條件明顯違反憲法。
張宏林表示，預算解凍案充滿不確定性，「立法院有給不給（預算通過）的權力，公務人員就會比較保守，就算你說後續會解凍，對於這那種連貫性的計畫，公務人員也不敢簽約，他們擔心萬一最後預算沒補上要怎麼辦？造成公務員人心惶惶。」
張宏林強調，「民意代表應該要嚴謹把關預算，不管哪一個政黨執政，政府的確有浪費錢、執行效能不彰的部分，不適合的費用，一塊錢都不應該給、都應該要刪減。」但所有凍結理由都要有所本。
他接著說，「這次並非所有預算凍結案都有問題，但至少在通刪、通凍的幾個案例來看，絕對是比較粗暴的，這只能說是政治事件，而不是專業的預算審議，凍結理由、解凍標的不清楚，流於政治報復，為了自己政策利益來審議預算，這對國家來講 ，當然不會是一個好事。」