《Live Science》報導指出，美國史丹佛大學的凱林（Christopher Kaelin）團隊和日本九州大學的佐佐木裕之（Hiroyuki Sasaki）團隊，近期在《Current Biology》期刊上各自發表研究，不約而同地揭示橘貓毛色的秘密，指出毛色與一段基因序列缺失，以及X染色體上ARHGAP36基因的異常活化有著密切關聯。
不論是人類還是貓咪，性別都由染色體決定。公的是XY，母的則是XX，關於橘色毛髮的遺傳變異剛好就在X染色體上，這就解釋了為什麼公貓只要遺傳到一條帶有該變異的X染色體，其毛色即會表現為橘色，然而，母貓則必須同時擁有兩條帶有此變異的X染色體，才會完全呈現橘色毛髮。對此，可說明為何橘貓公母比例懸殊，以及三花貓與玳瑁貓幾乎都是母的原因，皆與X染色體上的毛色基因有關。
根據九州大學的研究，橘貓毛色的關鍵在於ARHGAP36基因。研究指出，所有橘貓都缺少該基因中一段原本能抑制其活性的DNA，導致一直保持活化狀態，促進「類胡蘿蔔素」色素生成，所以毛色才變成橘色。因此，這段基因異常被稱為「性聯遺傳橘色變異」（sex-linked orange）。ARHGAP36的功能不限於皮膚和毛囊，它在大腦與內分泌系統中同樣發揮作用。
不少貓奴都說橘貓特別「ㄎㄧㄤ」、特別愛搗蛋，不過史丹佛大學的研究卻指出，橘貓和非橘貓的大腦基因表現並無顯著差異。凱林認為，橘貓之所以常被認為「混亂」，可能主要是因為大部分橘貓都是公的，而不是基因的關係。
儘管突變的確切年代仍是個謎，但凱林指出12世紀的畫作已出現三花貓，這表明此基因變異可能在家貓馴化初期就已存在。佐佐木也對此深感興趣，希望能進一步研究古埃及貓畫，甚至分析貓木乃伊的DNA，以追溯橘貓基因的源頭。
九州大學這項研究耗資逾7萬美元，仰賴群眾募資募資支持，才得以成功解開貓咪毛色變異的基因密碼，研究團隊幽默稱之為「喵變異」（meow-tation），並視為貓毛色研究的里程碑。身為愛貓人士的研究員佐佐木也表示，能破解這個長期以來的謎團感到無比喜悅。
