地方倡議興建馬祖大橋多年，然而這座連結南北竿的跨海大橋海事工程困難度高，遠超過2022年通車的金門大橋；金門大橋水下基樁最深處23公尺，已是台灣海事工程史上的一大挑戰，馬祖大橋在路線規劃上，若採跨海最短距離的路線，會經過深達60公尺的海溝，挑戰比金門大橋更鉅，工程可行性至今仍由國發會委外評估中。
2017年總統賴清德擔任行政院長時曾親訪馬祖，並指示評估馬祖大橋可行性，最初評估的工程經費約280億元，如今經過7年多的通膨、原物料上漲等因素，工程經費已大幅膨脹，達390億元。
知情人士分析指出，相較於馬祖大橋，金門大橋的水域相對平靜、深度更只有馬祖大橋一半，但金門大橋從動工道通車，歷時超過十年，期間多次延宕，經歷招標重大疏失、施做廠商倒閉等波折，過程中施工經費一再增加，計畫期程則一再推遲，金門大橋尚且如此，馬祖大橋的建設難度更可想而知。
金門大橋2022年通車，如今地方最關心的是，這座造價不斐的跨海大橋的後續維管費用誰來出。金門縣長陳福海2023年就曾在議會表示，他向時任總統的蔡英文爭取，希望未來金門大橋由中央維管、交通部負責；金門縣議員唐麗輝去年底也曾在議會質詢關切「大橋維管如果在金門縣政府，中央是否補助？」
「討論生小孩的時候，都說生了願意養，真的生出來之後，照顧責任就互相推託」知情人士說，不管工程難度如何高，只要錢投下去大多蓋得成，但如果未來馬祖大橋真的蓋好，後續維管費用誰要出，恐會是一大問題。
