家屬除了認為軍方態度可疑，也認為郭男不太可能獨力犯案，推斷應該還有其他共犯或長官刻意包庇，但軍方始終未明確解釋，而時任軍史館館長李姓上校雖發現異常，卻未通報，事後也僅被記大過處分，未接受司法調查，此案雖然因郭男伏法，畫下句點，但真相仍難以令人信服。
由於軍方的作為被認為掩飾真相，法界借力使力，開始推動軍法改革，但來自軍方的阻力依舊很大，軍法審判難以動搖，直到軍史館命案案發後14年，桃園陸軍營區發生洪仲丘遭凌虐致死案，社會對軍事審判制度高度不信任，立法院終於修正《軍事審判法》，將非戰時期軍人犯罪全面交由普通法院審理，強化監督，避免軍方一手遮天。
值得一提的還有，軍史館命案的凶手郭男接受偵訊時曾提及，犯案動機與館內一把刻有「南京之役殺107人」的日軍軍刀有關，郭聲稱他在犯案時，是遭南京大屠殺的冤魂附身，此說法雖未被法院列入判決事實，也遭國防部澄清為謠言，但妖刀傳說卻在18年後，因另一案件再度被喚起。
事隔多年後，軍史館重新開放，沒想到2017年8月，一名呂姓男子闖入後砸毀玻璃櫃，偷走這把百人斬軍刀，並持刀闖入總統府、砍傷憲兵，而該刀的刀柄處確實刻有「南京之役殺107人」字樣，與郭男的說法不謀而合，據說這把刀是日軍戰敗後，被國軍接收的物品，儘管軍方強調只是歷史文物，並沒有神祕背景，但二次都扯到刑案，還是令人毛骨悚然。
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