根據廟方最新說明，這座牌樓建於民國71年（1982年），由匠師王錦木監造，採古法「六柱五間、二通三瓜」工藝興建，為全亞洲最大的五門式實木牌樓。所使用的12根紅檜大柱，每根高達14公尺、直徑約81公分，選用台灣千年紅檜，極為珍稀，整體結構完全仰賴榫接技法，不含鐵件，堪稱台灣傳統木構建築的代表作。
牌樓在強風中傾倒，不僅造成南鯤鯓代天府正門損毀，周邊亦傳出淹水、停電等情形。廟方總幹事侯賢名坦言，這座牌樓是信眾眼中重要的精神象徵，突如其來的災變讓人萬分痛心「損失難以估計」，後續將朝鋼筋混凝土重建方向評估，以兼顧安全與長久使用。
台南市民政局副局長吳明熙指出，市府目前已完成第一階段災區封鎖與電力搶修作業，接下來將協助廟方處理災後善後與修復工程。南鯤鯓代天府方面也表示，已啟動清淤與初步重建工作，並號召志工與進香團協力投入，感謝各界在風雨中伸出援手。
南鯤鯓代天府稍早發聲明向台南鄉親及全台信眾致意，並祈願五府千歲庇佑風調雨順、災後重建順利。他們承諾將全力以赴，盼早日恢復南鯤鯓代天府原貌，重現信仰地標風采。底下信徒也紛紛留言「加油」「辛苦了」願南鯤鯓早日修復完成。
