蒞庭檢察官指出，依據前大法官陳新民等法律學者見解，一審判馬英九無罪的理由中，所提到的院際調解權僅是象徵性權利，是輔具及填補功能，且2013年8月31日馬英九將偵查機密告知前行政院長江宜樺時，5院間並任何爭執，總統並沒有行使院際調解權的必要，馬英九當時的行為，也不是正當防衛，沒有阻卻違法的適用。
檢察官強調，總統行使院際調解權，必須超然於政治、黨派之外，不親自參與任何決策，且只是政治上溝通意見，不具強制力，但馬英九九前總統卻親自介入，法院竟還認定他沒有犯罪，要求高院撤銷無罪判決，改判馬英九有罪。
馬英九則說，他處理司法關說案後，遭柯建銘從自訴、檢察官提起公訴案，歷經7位法官、3次判決判他無罪，柯建銘自訴案的一審時，法官也認為他是在處理重大國家事務，但檢察官在敗訴後，卻仍執意上訴。
馬英九強調自己是為了維護司法公正，絕不是想鬥倒誰，況且蔡英文上台後為司法改革也是表示要擔起跨院際協調責任，預防潛在可能發生爭議，他強調，這難道不是也在行使總統職權？馬英九指出，若檢方的論點成立，等於總統和行政院長沒有任何行政權、總統行使權力都要請教檢察官，這是要如何治國？
馬英九表示，自己擔任總統時，對憲法、國家有責任，且是依行政特權處理，並非擴權，馬英九指出，他過去每週召開5人小組會議，每年召開5院院長會議2次，針對軍公教及勞工年金議題，進行院部之間的問橫向溝通，馬英九認為，這就是憲法上總統的院際調解權。
馬英九強調，自己是針對立委關說司法醜聞行使總統的院際調解權，邀集相關首長進行討論，避免危及國家並維護社會安定，卻被說是犯罪行為，若他不能這樣做，等同於禁止總統與首長討論司法關說案，甚至連思考也不行，他認為，本案是的核心不只是總統權力的問題，更是總統的責任問題，此案也不只是他個人訴訟，更重要意義在於讓未來的總統能夠安心依《憲法》治國，庭訊中午結束後，合議庭將擇期再開庭。
