本刊調查，事實上在10日凌晨二讀表決通過該條文後，就有青壯派民進黨立委在民進黨團LINE群組中反映，原本黨團立場是不予增訂該條文，但最後卻通過協商後的折衷版，違背了這次修法加班費核實計算，要讓勞工多領加班費的目的。可惜，最後並未影響法案三讀結果。
現行《勞基法》僅規定加班須給加班費，並無明定如何換補休，勞動部僅透過函釋允許加班可在勞資合意時改採補休。
本次修法過程，加班換補休條文是國民黨立委蔣萬安所提，但蔣版是規定雇主須依加班費加成費率，給予補休時數，例如休息日加班4小時，原可領6小時加班費（前2小時乘以1.33、後2小時乘以1.66），換補休則應補休6小時。
最後經過朝野協商後，民進黨團採納的修正動議，是勞工若願意改採補休，加班時數就是補休時數，不予加成計算，休息日加班4小時就是補休4小時。除非勞資協議的補休期限已滿或勞工契約終止時，才能將補休時數比照加班費加成計算方式折算工資，若沒給付加班費，雇主可罰2萬元至100萬元。
對此「加班可換補休」條文三讀，文化大學法律學系教授邱駿彥曾在臉書反諷：「恭喜雇主、賀喜雇主，週休二日再見。」「全國雇主可樂了！」他批評，該條文「對於台灣勞工造成很不利的結果，其影響所及，很可能加了班卻拿不到加班費，想靠加班多拿工資的中小企業勞工，往後可能會夢想幻滅。」
邱駿彥還質疑，雇主即使讓勞工於休息日加班，只要勞工願意改採補休，雇主就再也無需負擔休息日加班的高額加班費，只要安排讓勞工於淡季時補休完畢，休息日加班的負擔就一掃而空。「因此，不得不令人擔心一例一休已成昨日黃花。」
時代力量立委林昶佐今天也發新聞稿指出，加班換補休條文中期限「由勞雇雙方協商」，又僅限定「補休期限屆期」或「契約終止」時，仍未補休完畢才須給加班費，可能導致勞工拿不到加班費又沒有補休，這是嚴重漏洞，要求行政院自行提出覆議。
據了解，雖然勞動部長林美珠曾在條文三讀當天開記者會指，因外界有疑慮，會研擬在施行細則中規定，加班換補休要年度結清，若年度終結前未休完就依法折算加班費。有綠委建議，為避免雇主在旺季要求加班、淡季強迫補休，因此不應僅要求在當年度結清，而是以季為單位結清，較能避免外界疑慮。
