為製作《狗狗傷心誌》，張毅曾同時在台北、崑山、上海都設有團隊，每天視訊會議討論動畫造型、建模的過程，但最大的挑戰是如何讓角色動起來表演。
張毅笑說：「請人表演從這裡走到那裡，再笨的人演了幾十次都會了。可是用動畫要隻小狗走，兩年都走不到。一開始腿也不對、腳也不對、眼睛和身體都不對，要一點一點調。好不容易會走了，要狗狗跑起來再回頭望，這一回頭又半年。」
技術之外，還得面對政策變動。張毅說：「當初崑山政府想設置動畫園區，極力邀請，我們才前往，但後來它根本不想再做動畫，只好又撤回到台北與上海。」
四段式動畫電影《狗狗傷心誌》的四段風格都不同，張毅表示，如果都是一種風格，感覺很無聊，所以想多方嘗試，但這個決定也讓他多花1、2年的時間調整適應。在先完成第一段《黑屁股》後，也因沒有錢，停了好一陣子才完成後面三段《Tiger》《老流氓》《暴妹》。張毅透露，這四段故事都有所本，都反映人與狗之間的真實情感。
製作動畫耗費的資金不斷增加，從9000萬台幣到破億、再到3億，尤其台北、崑山、上海同時設廠時期，共有100位工作人員，每個月要燒120萬到150萬元人民幣（約新台幣538萬至673萬），但全片究竟花多少錢完成，張毅不願多談。
《狗狗傷心誌》除申請國片輔導金2000萬元，「每一毛錢都是自資。」製作過程中，張毅和楊惠姍把所有可能動用的資源一點一點累積在這部作品，不求快、也不求回收。他認為，當初和他同樣有動畫夢想、彼此相互交流的導演楊德昌，正是因找到資金，反而產生壓力和問題。
對張毅而言，自資拍攝更能保有創作意識形態上的獨立。他之所以如此強調動畫的獨立性，根植於動畫本身即是一種具有強大說服力的電影形式，必然和「文化」有關，若在構思動畫時率先考量了「市場」，很可能犧牲文化價值，又如何讓人期待。
