一開始潘國瑜因電影特效比廣告講究且耗時，有點不習慣，「廣告因為長度只有30秒、電影是2小時；3個月在廣告是很長的時間、但對電影來說是很短的，通常要6個月、一年做一部電影。」由於廣告與電影製作過程的差別，潘國瑜也見識到ILM在製作特效時的要求，「ILM每一個pixel（畫素）都會看，發現顏色不對或很多細節都會改。不停改改改，改很多遍才會通過，但廣告可能改的機會只有3、4次。」
後來ILM負責《侏羅紀公園》特效，因導演史蒂芬史匹柏讓片中整隻恐龍出現的CG鏡頭多達50個，因此需要更多人，她主動爭取，「經過一連串考驗，我幸運加入團隊，學到很多東西。」
《侏羅紀公園》是電影特效史上的經典，「之前沒一家公司能用電腦做出栩栩如生的生物，所以我們每個部門都要不停觀察研究，做視覺效果研發，看類似生物的皮膚、動作，因為沒有人看過恐龍。」
潘國瑜表示，製作《侏羅紀公園》的特效工程十分困難，「在技術上根本沒有，完全是從零開始。每部分都是一邊做、一邊寫出來所有的元件。每天我們都會問『有沒有這個工具？』如果沒有，我們就自己寫。就是這樣，每個人都會寫一些工具、computer tools（電腦工具）。另外一些合成、燈光、動畫、還有模型，要如何連起來？因為都是一塊塊分別做的，動的時候它們會分開，要想方法來連結所有的，這很難，所以每天都要想辦法解決問題。」
《侏羅紀公園》中有一個恐龍出現、banner布條緩緩飄落的經典鏡頭，這個鏡頭的燈光處理由潘國瑜負責。「開始我們想用CG，當時沒有元件，我們寫了元件但需要很長時間來改進，時間不夠，我就和視效總監Dennis Muren（得過9座奧斯卡特效獎）說『我覺得不能用電腦來做banner，想試試看實拍』。他就說『你去拍吧！我安排一個棚給你去拍』，他是大師，我這時才20多歲，但自己的感覺就是，這個方向比較好。也因為有信心，後來順利達成要求。」當時《侏羅紀公園》的特效團隊只有15人，做了9個月終於完成。
