台灣與中國之間，儘管政治上一直存在極大的隔闔，但經過近30年快速發展，經濟方面互動持續熱絡。根據行政院主計總處發布數據，如今每年台灣製造出口商品約40％輸往對岸，台商在中國投資設廠4萬餘家（中方統計近10萬家），工作人數40餘萬人；另外，台灣人每年赴中國旅遊者，已超過400萬人，對方來台旅遊人數最多曾超過200餘萬人。雙方關係原本休戚與共，但近年隨著政經形勢改變開始鬆動，這次因為新冠病毒侵襲而更趨惡化。
武漢肺炎疫情於農曆春節期間爆發，許多在中國各地任職者回台過年，因擔心健康受到威脅而放棄返回原工作崗位。根據104人力銀行所作調查統計，台籍幹部尋求離開中國轉職機會的比率，由武漢封城前的50％，到年後暴增至63％，而台灣廠商徵才也轉趨保守，因此他們轉往東南亞等地發展的機會較高。
隨著疫情迅速延燒，美、德、法、韓、澳洲等國都相繼採取撤僑行動。正傾全力推動防疫措施的台灣政府，面對滯留武漢的國人要求採取同樣作為，也試圖與中國國台辦展開協調，但都遭到「已讀不回」的對待，最後經由當地台商協會溝通，才送回首批247位民眾。只是中方單方面決定的名單，沒有考慮照顧老弱婦孺、真正需求者的原則，運送途中竟未妥善防疫，反而其中一人確診感染武漢肺炎。
此次包機被懷疑台商與台辦官員運用特權，決定優先送返名單，引起民間強烈負面反應，行政院因此改採堅定立場，要求必須符合弱勢優先、檢疫優先的原則。但中方依舊秉持必須謹守「一中原則」的思維，拒不同意任何變通，致使包機接運台灣人回台的規劃，無法繼續再向前邁出第二步。就此事件的處理而論，行政院堅持包機迎回在外國人，不能因此出現防疫破口、威脅國民健康安全，是受到廣大民意支持的，隨後衛福部長陳時中針對撤回陸配子女來台所作發言：「選了國籍，就要承擔」，雖引發議論，但顯然贊成多於反對。
中共當局本著毫無彈性的「一中原則」，冀望促成兩岸終極統一，但經過這麼多年，雙方關係卻越來越疏遠。國民黨曾經極端反共，而後轉為國共合作反獨，隨著民意支持度江河如下，面臨被年輕世代放棄的危機。如今武漢病毒陰影籠罩台灣，國台辦處理兩岸疫情絲毫不知通權達變，只有引起台灣人民更多反感。最近中國派出軍機連續兩天繞台，甚至踰越海峽中線，威嚇意味明顯，但美國立即飛機、軍艦齊發，表明絕不坐視的強硬態度。中共當局再不調整對台作為，兩岸關係是否拐向逆轉，很難令人無疑。
