在這次武漢肺炎疫情中，WHO與科學界意見不同的情況已不只一次。
例如，WHO發布公共場合戴口罩的建議，時間上遠遠落後大部分的成員國。另外，許多國家很早就提醒無症狀患者傳染的重要性，但WHO迄今仍強調無症狀傳播是少數。
一名WHO在東南亞國家的顧問說，在區域層級的許多世衛技術人員感到困擾，也影響到了世衛組織的公信力。他說，在他的國家政府做了戴口罩的宣導之後，當地WHO職員一度成了公開活動裡少數不戴口罩的異類。
許多專家建議WHO身為全球公衛龍頭，應該接受所謂的「預警原則」（precautionary principle），那就是即便沒有明確證據，也應該預判病毒最壞的情況，運用常識盡可能推薦最好的保護措施。
英國牛津大學的格林哈爾（Trish Greenhalgh）說：「並沒有毫無爭議的證據認定SARS-CoV-2（武漢肺炎病毒）顯著藉由懸浮氣溶膠傳播，但絕對沒有證據說它不會。」她說，在這種情況下，我們必須在面對未知的情況下做出決定，並且要知道，這是一旦錯誤將造成災難的決定。「所以，為什麼不能先戴口罩幾個禮拜，以防萬一？」
另一個矛盾的情況是，在沒有太多證據的情況下，WHO似乎接受了病毒可透過表面的接觸而傳染，並大力鼓吹民眾要勤洗手防病毒的觀念。
WHO的說法是，他們也必須考量到所有成員國的不同需求，特別是一些資源有限的國家，做出確實可行的建議。如果他們在缺乏證據的情況下，就大力推動一些防疫的建議，一些中、低收入國家的醫院可能被迫動用其他重要項目的有限資源。
不過，一些科學家批評WHO這種說法是父權家長式的觀點。「『我們不說我們心裡真正想的，因為我們認為你們處理不來？』我認為這不對。」馬里蘭大學氣溶膠傳播專家米爾頓（Don Milton）在紐約時報的訪問裡說。他說，例如口罩，就算是普通布料口罩，只要大家都戴了，就可以大大降低傳染的機率。他認為WHO應該清楚把訊息告訴大家。
不少專家批評WHO在整個防疫過程訊息的傳遞。他們認為WHO過度強調科學的面向，而忽略訊息的清晰明白。
長期在泰國參與WHO計畫的阿迪斯（William Aldis）說：「你說的話，是要幫助人們理解公衛問題的本質。而不只是科學式的描述一個疾病或一個病毒。」
他還說，WHO往往「把缺乏證據當成是不存在的證明」，例如在4月的時候，WHO曾說「目前沒有證據證明Covid-19復原患者具有抗體，受保護不受二次感染」。
這個聲明目的是要說明不確定性，但是它的措辭引發了不安，並引來一些專家和記者的批評。WHO事後撤回了這個說法。
當然，也有WHO官員和研究人員認為外界忽視了他們做出的努力和貢獻。
WHO首席科學家史瓦米納珊（Soumya Swaminathan）說，他們的科學家嘗試儘快評估新的科學證據，但不能犧牲評估的品質。「當記者或科學家或任何人對我們提出挑戰，說我們應該做得更好，我們都認真看待。」她說：「我們當然想做得更好。」
參考資料：New York Times
