其中，今年2月正式合併的國立陽明交通大學，已經與台積電、力晶電、聯發科、聯詠科、鴻海、緯創等知名企業，合作成立產學創新研究學院，準備大規模招生，但最近卻有不少師生向本刊投訴，指產學合作在校園內已引發多起糾紛，儼然成為燙手山芋，憂心《產學創新條例》實施後，問題會更嚴重。
投訴師生指出，目前因產學合作引發產權爭議的部分，包括新竹校區的交映樓及南部校區的奇美樓、致遠樓，這些大樓甚至成為廠商貸款或抵債的工具，未來若有更多企業進駐，教學資源及空間恐遭剝奪，校方毫無保障。
1名執教多年的A教授告訴本刊，2004年交通大學成立全國第一個顯示科技研究所，由華映出資1億7,500萬元捐建一棟教學大樓，亦即2006年落成的交映樓，做為顯示科技教學及研究基地。
A教授進一步說明：「雙方初期確實有產學合作，師生會跟著華映的人員進行實驗，並藉由觀摩的機會汲取實務經驗。沒想到華映後來營運出問題，宣告破產，可能因為必須清點資產，所以就回頭跟學校交涉，希望了解華映在交映樓的使用權有沒有價值？疑似想要拿來清償債務。」
交映樓的問題還沒解決，陽明交大的南部校區又爆發類似問題，讓校方蠟燭兩頭燒。
另一名熟知狀況的B教授告訴本刊：「17年前，當時的台南縣長蘇煥智取得台糖用地後，轉為學校用地，交給當時的交大使用，交大南部校區第一棟大樓是奇美樓，第二棟大樓是致遠樓。」
奇美樓問題較為單純，當時合約載明要與研究相關，不能當作生產基地，後來企業將空間租給工研院使用。只不過，工研院自己又在沙崙蓋了一棟大樓搬過去，奇美樓的空間因此閒置。
「致遠樓則是用產學共創的模式興建，但出地的是學校，土地價值遠比建物來得高，不過，大樓落成後，校方只分到3成空間，7成的產權不但歸捐建企業所有，甚至還可以自由買賣，最近就有企業向校方表示，要拿這些產權去向銀行抵押借貸，這未免也太離譜了吧！」B教授氣憤地說。
產學合作爭議不斷，如今陽明交大又加入《產學創新條例》的行列，投訴師生憂心，若校方簽約時不夠謹慎，難保有心的企業不會將手伸進校園治理，甚至侵吞學校資產，類似交映樓、奇美樓、致遠樓的產權糾紛，只會不斷上演，因此呼籲校方應盡到把關的責任，以維護全校師生的權益。
陽明交大校方回應本刊表示，華映公司是否因要償還債務而與學校接觸，因校方不清楚其意圖故不便評論；至於台南校區方面，會積極與所有進駐企業洽商產學合作事宜。
