其實台北機廠的維修功能早在2013年就由桃園楊梅富岡基地取代，2015年認定為國定古蹟，等於是台北機廠至今已閒置4年時間，對外界來說，不懂為何放著讓古蹟腐壞？其實就是土地使用甚至移轉是否要償還以及金額喬不籠所致，一度文化部與交通部僵持不下。
文化部與交通部好不容易終於簽署合作備忘錄，但也只是先搞定前3年的租金，之後要怎麼移撥都還沒有共識，而且光前3年就要花掉近30％的預算，以後拖越久可能花的錢更多，宛如一大錢坑，顯示台北機廠要克服產權的難關，才是能不能修復為國家級鐵道博物館的關鍵。
台北機廠歷史可追溯至1885年清光緒的台北機器局，原本是維修槍砲以及彈藥生產，日本來台後才轉由鐵道部使用，並改為台北鐵道工場，但因為台北人口增加，才另外選擇松山的土地興建新的鐵道工場，也就是今天的台北機廠，1935年完成遷建計畫，裡頭有柴電工場、組立工場、鍛冶工場、油漆工場與澡堂等設施。
原本台鐵希望部分保留後可以將16多公頃中的27％的土地重新開發，當時預估可以為台鐵帶進500億元收入，但經過鐵道迷及民意代表的奔走下，2015年4月16日正式公告為國定古蹟全區保留確定，也讓台鐵原本要靠這500億元開發金改善財務的計畫落空。
文化部與交通部經過多次協調，終於在租金上達成共識，前3年以每年公告地價的5％金額計算，每年租金5.9億元，讓台鐵局不至於空手而回，但至於後續計畫則還在協調階段。本刊調查，其實後續到底要直接撥給文化部成立法人管理，還是繼續付租金給台鐵都還沒有定案，顯示這個案子雖然已經獲得行政院核定實施計畫，仍存在變數。
知情人士透露，雖然文化部希望動態保存，但台北機廠因為高鐵延伸至南港的緣故，早已斷軌，台鐵列車根本無法透過軌道進入台北機廠，加上台鐵台北機廠早已搬遷至桃園富岡，老師傅退休後，現存懂得如何操作台北機廠內機械的人已經凋零，想要做到像文化部長鄭麗君所說的「英國約克、德國紐倫堡以及日本大宮博物館」是難上加難。
文化部長鄭麗君表示，未來將是全區整備、分區修復以及分區開放的方式來經營，預計今年下半年就會開放預約登記導覽。文化部文化資產局長施國隆解釋，台北機廠的修復需要技術，將會加速與台鐵局商討如何借用已經退休的台鐵人當志工。
