與其在這邊等死，不如出去找死，找死還有一點機會。
2008年，他父親突然心律不整，昏迷休克，進加護病房急救，他才驚覺，從前護衛整個家庭的碩大身影變得乾癟瘦小，讓他幾乎認不出來，「我用掉所有假，在醫院陪爸爸，那段時間我一直在想，到底什麼是最重要的？」
父親倒下這年，他39歲，他記得很清楚：這年2月12日，當電視台都在爭相報導連戰抱金孫的新聞，他在辦公室裡聽到總編輯怒吼：「你是豬啊！為什麼別台有拍到連方瑀從一品大廈走出來，你們沒有？去想辦法給我補回來！」像是在寒冬中清醒，他當下決定辭職，不願看到新聞充斥沒有價值的訊息。
離職後他向公視提案，拍了紀錄電視新聞攝影記者心路歷程的紀錄片《睜開左眼》。片中一名記者說：「與其在這邊等死，不如出去找死，找死還有一點機會。」這句話就像是李惠仁當下的生命註腳，他真的離開舒適圈，出去找機會了。他說，當時真的是鬆了一口氣。
最愉快的就是找到真相、關鍵拼圖拼上去那一刻。
他開始當一個獨立調查報導者，用60分鐘以上的紀錄片取代過去短短一分半的電視台報導，像是復仇。但獨立以來的日子，收入不若以往商業電視台，他得接拍婚禮攝影、做些能賺錢的活兒，偶爾媽媽擔心他，也會偷塞1、2萬元。以為他壓力大又辛苦，李惠仁卻說自己拍每部片都非常快樂。他一臉笑嘻嘻：「我都把《不能戳的祕密》當作調劑身心，做完一部片子的空檔，就來戳一下。做調查要找證據，當你找到證據時，會想：被我抓到了吼！最愉快的就是找到真相、關鍵拼圖拼上去那一刻。你說累嗎？其實蠻好玩，蠻調劑的啊！」
他就像童話「國王的新衣」裡的孩子，敢於嘲笑沒穿衣服的國王。馮賢賢說：「在我們的文化裡，不鄉愿是不容易的。台灣社會迷戀學者，他們得到非常多資源，擁有超大發言權，但他們的行為很少被檢視。他揭發學界系統性地為政府護航，為了自己的學術利益而作弊。他不怕被貼標籤，也從來不會抱怨沒錢、經營困難，可能因為太太、小孩都很支持他。他父親對於他養成健康的性格很有幫助。」
李惠仁出生彰化鹿港，是家中長子，上面有2個姊姊，在國小擔任自然科學老師的父親不時出題考驗他的想像力。小三時，父親問他，瓜子殼掉到藤椅縫隙裡該怎麼辦？一般人憑直覺可能想到用筷子夾出，但只要把椅子翻過來、搖一搖，就會掉出來，「這對我影響很大，你習慣用『拿出來』去思考，就會被制約。」
