但知情人士透露，事故與天氣關連性不大，應該是人為操作不當所致。原因是在事故班機降落前，天氣更惡劣，側風更強，同款班機都順利降落。本刊取得蘭嶼航空站當天例行與特別天氣報告，事故當時的天氣反而比較好，側風也沒超過限飛標準。
根據報告內容，13日當天能見度是「9999（十公里以上）」，顯示非常好，但風勢稍強，下午1點最大陣風達限飛的19浬，已超過DHC6-400能起降限制，蘭嶼航空站關場，直到下午2點天氣好轉後才又開放起降。
下午2點22分，與當天出事同一架的飛機，便是在天氣稍有好轉情況下順利降落，並於2點55分起飛，乘客16人，當時31跑道最大風速是18浬，幾乎接近限飛的19浬。
隨後下午3點18分，31跑道的最大風速依舊是18浬，例行天氣報告則是平均風6浬、最大陣風16浬，但搭載17人的另一架同型班機也順利降落，並於3點45分返回台東。
沒想到，下午4點33分最大陣風僅17浬，但此時進場的飛機反而出事。資深機師研判，DHC6-400能抗18浬側風，3個班次都在此範圍內，且事發的第3班天氣狀況還比前2班好，顯示天氣正逐漸好轉，卻側滑偏出跑道，原因有可能是機師降落時進行側風修正，但飛機一進入跑道，側風被蘭嶼的山擋住後，造成修正力道過大，直接衝向靠山的護欄。
雖然飛安會的調查結果尚未出爐，但資深機師的懷疑並非空穴來風，因4月25日蘭嶼鄉長到民航局陳情時，民航局就提到「針對蘭嶼偏出跑道事故，要求加強德安駕駛員對航機側風進場及起降操作訓練」，同時將降落後煞車及反推力使用也列為重點項目，顯示民航局也懷疑是人為操作不當成分居高。
