最關鍵的是，檢方與不當黨產處理委員會近來掌握一份機密文件，內容直指馬英九不但知悉三中交易案，還作了若干指示，例如明明有人出價15億元要買中廣，比趙少康出價10億元還要高，但國民黨最後仍決定把中廣賣給趙少康，由於這份內部文件有馬英九的批示。
檢方已將此視為王牌證據，足以證明馬英九對三中案知情，還參與決策，檢方一連串鞏固案情的動作，恐怕會讓馬英九繼教唆前檢察總長黃世銘洩密案遭起訴後，再度面臨官司的麻煩，且這次更有兵臨城下、危機四伏的氛圍。
根據檢方蒐證，中影委託分析師計算出每股65元，根本沒有一套標準，根據中影股價評估報告，證券分析師張錦耀選擇以台鹽與台肥2家公司作為類比公司時，竟未事先確認台鹽與台肥的固定資產總額占全部資產總額的比重，是否與中影公司的固定資產比重相當。
更扯的是，面對如此鉅額交易，中投公司負責中影股權交易案的承辦人曾忠正及簡錫塘，在簽約前居然未仔細研讀評估報告書，對股價的計算基礎與方式也不清楚。
此外，分析師估算中影股價時，作為類比公司的台鹽及台肥股價，從2004年1月到2006年3月止，每股淨值從未有任何浮動，分析師也坦承，股價可以參考年報、季報，但他認為變動可能不大，中影股價報告確有瑕疵。
只是，這天大的交易弊端，絕非用瑕疵兩字就能輕鬆帶過，因為背後還有不可告人的祕密，原本外界以為中影交易合約的分潤條款，也是外界所稱的回算機制，規定中影文化城、八德路華夏大樓、新世界大樓等三處不動產於3年內出售，中影八德大樓賣價15億元，新世界大樓12億元，出售價格若高於約定價格的，買方應將溢價部分按約定比例支付給國民黨。
不過，中影股權買賣契約書的簽約者僅有中投公司、羅玉珍和莊婉均3方，中影並非契約當事人，根本無法拘束，加上分潤條款未訂3年後，買方非賣不可的期限，或是賣方得以強制購回條款的違約條款，郭台強入主中影後打死不賣，國民黨也沒轍，只能成了冤大頭，中投公司無從向羅玉珍、莊婉均求償，利潤分享條款形同虛設。
