本刊調查，內政部在2007年通過《地籍清理條例》，針對光復初期權屬不明或於法不合的土地登記進行清理，清理後的土地會逐批公告，給權利人時間申請登記，不然就由市府代為標售，代為標售的土地中也包括神明會土地，大墓公於是在2011年8月配合政府政策，向民政局申請成為財團法人。
大墓公董事長盧國雄說，新北市政府一開始有核可廟方提出的申請，同年9月卻接到民政局來文，指「地方人士有異議」，隨後又撤銷登記許可，大墓公不服提起行政訴訟，法院卻以「神明會應以信徒大會為最高機關，凡涉及組織性質變更應召開信徒大會決議」為由而駁回大墓公的上訴。
盧國雄無奈表示，中和、板橋、土城三區居民超過120萬人，光寄掛號信件費用就高達3000萬元，更難以找到場地容納大量信徒，不是廟方不願配合，而是信徒大會在現實狀況中實在難以舉行，不過提出訴訟卻被判決敗訴。
大墓公的改制不被法院認同，但在法律程序之外，大墓公財團法人申請遲遲無法通過，其實與地方壓力也有關係。
據瞭解，在台北縣時期，大墓公是由中和、板橋、土城三市的民選市長輪流擔任，因此目前廟產還登記在已經死亡的前土城市長王澤民名下，台北縣升格新北市後，區長改由官派，任期不穩加上區長並非都是當地人，廟方認為應由地方仕紳管理廟務較為妥當，前年10月也在民政局輔導下選出了董事長和常務監事等職位，但這個選舉結果卻讓部分地方民代無法接受。
盧國雄提到，新北市議員對於大墓公變更成財團法人提出眾多質疑，要求讓三區的區長加入信徒委員會，並以土城區長為董事長，廟方則認為信徒委員任用與遴選，理應由廟方提出而加以反對，以致財團法人的申請案因各方意見不一，僵持不下而延宕至今，而廟方無法順利改制成為財團法人，大墓公目前除了舉辦清明、中元等祭祀儀式外，廟務也形同停擺。
盧國雄說，大墓公至今無法申請寺廟登記，每年要繳的土地稅則高達千萬元，皇翔建設老闆廖年吉原打算捐贈1,000萬元給大墓公，卻因廟方基金會尚未成立而無法拿到這筆捐款，就連日前花蓮地震，也因廟方身分未明而不敢隨意捐款，種種限制讓大墓公動輒得咎。
遭指責反對大墓公成立財團法人的議員黃永昌則表示，他對廟方走向財團法人化樂見其成，也持續對大墓公進行輔導，當年他擋下此案，是因他認為廟產是信徒捐贈，所以大墓公應成立公法人而非私法人，更該由地方大家長管理監督，才能守護市民公共利益，絕非如外界抹黑的別有居心。
新北市民政局夾在地方議員和廟方代表間，也很難為。宗教禮俗科科長藍品畯表示，過去因市府與大墓公訴訟未止，因此希望廟方保持組織穩定，且訴訟已在去年落幕，廟務目前則依神明會模式進行，民政局正積極促進地方溝通，期望能早日達成共識，協商出雙方都能接受的結果。
