前夜伴侍在病床旁的好友、清華大學生命科學系教授李家維說：「沈君山是很喜歡熱鬧的人，但他有明確交待，自己的身後事不要世俗的熱鬧。」因此家人尊重其遺願：不發訃文、不辦公祭。
沈君山的父親沈宗瀚、母親沈驪英都是著名農學專家，因顯赫家世背景與連戰、錢復、陳履安並稱「政壇四公子」。和另外3人不同是，沈君山以學術成就著稱，融通文理，曾赴美國馬里蘭大學攻讀物理博士，任職美國太空總署。回台後任教清華大學物理學系，並成為清華大學首屆民選校長。
他是科學家、教育家、散文家，也是圍棋和橋牌的高手，一生多才多藝、瀟灑不羈。李家維說：「他很率性，人生經驗讓他知道，想做的事情都可以做成。」80年代戒嚴時期，他無畏當局壓力，協助陳文成事件、林宅血案善後，並在美麗島事件中力保黨外人士，避免流血事件。
他談笑風生、縱橫捭闔的性格不只跨越黨派，也跨越兩岸。「他在華人界有極高聲望，因為大家都喜歡風流倜黨的才子，見到他是一種榮耀。」李家維說：「在兩岸情勢最困難時，大陸當局相當重視他，主動安排他跟（中共領導人）江澤民見面3次，他也明白讓對方知道台灣人對大陸的觀感，那場深入又交心的對話穩住了兩岸關係。」
沈君山最為人稱道的就是牌藝與棋藝，曾兩獲世界橋牌大賽亞軍，也是圍棋六段的棋士，不僅成立基金會培養年輕棋手、推動圍棋，也和知名棋士吳清源、林海峯、聶衛平等人成為至交。李家維說：「他夢想能結合世界圍棋高手，拿出他們生平最得意的棋譜。」後來清華大學依願在校內設立「奕園」（「奕」同「弈」），擺設6位圍棋大師棋譜，還邀請小說家金庸題字。
他也是著名的金庸小說迷，和金庸是私交甚篤的棋友。遠流出版社董事長王榮文回憶，沈君山是他生命中的貴人，「1985年1月25日，金庸到香港飯店接沈君山去和（中國棋聖）聶衛平下棋，我在飯店大廳遇見金庸，就在沈君山還沒下樓的那5分鐘，談定金庸小說的改版，是他意外促成這段良緣的。」
既是才子，身邊自然不乏佳人，沈君山除2段婚姻之外，也有幾段知名的風流韻事，如作家胡因夢、紀政、蔣彥士的女兒蔣見美等。網路更傳有沈君山愛情觀的「一悟三不」準則：「一悟是得到了可能失去，失去了卻未必不能得到；三不則是交女朋友，不交學生、不交同事、不交沒愛情經驗者。」我向李家維求證，他聽了大笑：「這都符合我對他的認識，他就是一個浪漫的君子。」
1999年沈君山初次中風後，展現強韌的生命力。「他開始可以走路後，就堅持每天從1樓走到8樓，不厭其煩走好幾遍。」李家維說：「他不喜歡人家在旁服侍，所以想辦法讓自己行動方便，後來他竟可以瘸著半身用單手開車，那就是沈君山。」
李家維最懷念沈君山的，就是「開心」2個字。2005年沈君山二次中風時，寫了散文〈二進宮〉描述自己二度中風的經過，文章充分展現他的幽默感和頑皮個性。文章裡寫道，他中風清醒後每個醫生都來問他：「3加2等於多少？」有次他被問煩了，就對一個年輕醫生答：「3加2啊？喔，等於4。」害醫生緊張地跑出去。
他還寫道，有次管家把一張林志玲海報貼在他病房牆上，妻子曾麗華看到不以為然，他辯稱：「每天看自己醜陋古怪的形象，晚上瞄一眼林志玲，才不會做惡夢。」消息傳出去，送花的人少了，送林志玲海報的一大堆，「現在我有13張林志玲的海報，看來可以開特展了。」就連在病床前，沈君山也不忘自嘲與捉弄別人。
沈君山一生平順安穩，唯獨晚年熬不過病魔難關。2007年沈君山第3次中風後，就再也沒有醒過來了。
中央大學鹿林天文台的楊庭彰和葉泉志曾發現一顆小行星，將之命名為「沈君山」。如今，他終於掙脫圍困11年的軀殼，化成天上那顆安安靜靜的星。
