有些分析家認為在美軍拘留期間，讓巴格達迪發展出激進思想。不過他的獄友說，在入獄之前他已展現暴力傾向。
和他同監獄的馬亞希在美國情報人員偵訊時透露，巴格達迪當時化名「阿布杜阿」。在獄中各個單位裡囚犯們會秘密選派各自的「酋長」，而巴格達迪就是他們營帳的領導。巴格達迪串聯同單位的遜尼派的幫派分子，用空調設備的金屬片製成的武器，威嚇同單位裡的什葉派囚犯。
美軍入侵伊拉克推翻海珊，加深了伊拉克境內什葉派與遜尼派之間的仇恨。什葉派清真寺曾多次遭武裝分子的恐怖攻擊。而後來的伊斯蘭國也經常以什葉派為目標，派出自殺炸彈客在黎巴嫩、阿富汗、伊朗和孟加拉發動攻擊。
馬亞希說，巴格達迪在獄中對付什葉派的手段，迫使他們不得不請求轉調單位。「當什葉派全都走了之後，他開始威脅同為遜尼派的獄友：你為什麼抽菸？禱告的時候你為什麼沒現身？你的鬍子為什麼這麼短？」
失之交臂
美國國防部的紀錄顯示，巴格達迪在2004年底出獄，這是美國後來感到懊惱的情報失誤。當時沒人會想到他未來將成為伊斯蘭國的首領，美國的頭號頭痛人物。
之後幾年巴格達迪行蹤成謎，直到2009年美軍從伊拉克武裝分子藏匿地點的文件中發現了一份成員名單，「阿布杜阿」的名字赫然在列。
2010年3月，伊拉克情報人員逮捕了拉維（Manaf al-Rawi），他是網路流傳影片中把美國承包商尼克．柏格斬首的劊子手之一。拉維在偵訊中供出組織下達秘密訊息的指揮者就是阿布杜阿。
不久之後，2010年5月，這個武裝組織宣布了他們的新領導。阿布杜阿如今向世人宣告的新名字是阿布．巴克爾．阿爾-巴格達迪。（Abu Bakr al-Baghdadi）。
這個名字對後來他的追隨者而言意義重大，阿布巴克爾是先知穆罕默德死後的第一位哈里發，也是伊斯蘭第一波向世界擴張的開始。
巴格達迪之後躲過了多次的追捕。有一次，美軍得到線報他駕車與蓋達組織會面；還有一次美軍在他過去做禮拜的清真寺設下埋伏，但每次都讓他脫逃。
這幾次的幸運逃脫或許是僥倖，但之後巴格達迪變得越來越謹慎小心。據說他不再使用手機，全靠手傳的訊息下達命令。
2014年，巴格達迪在伊拉克北部大城摩蘇爾的清真寺宣告哈里發國成立。這是他第一次透過影帶以真面目公開露面。
巴格達迪極少公開露面，也因此過去經常謠傳他的死訊。不過每一次他都會透過影片現身或現聲。歐巴馬時代的美國官員說，從2014年到16年他們雖然逮捕或狙殺了多名伊斯蘭國的高層，但從來無法確實掌握巴格達迪的行蹤。
參考資料：New York Times, Atlantic
