由於經費有限，影片工作組分為台灣、海外兩個團隊，力求精簡。台灣團隊除導演黃明川，還有一位攝影師、副攝影師與副導演；海外團隊則委請印度導演兼攝影師拉菲格愛里亞斯（Rafeeq Ellias）負責，他曾執導BBC紀錄片《胖媽媽傳奇：加爾各答中國城》（The Legend of Fat Mama），並來台參加嘉義國際藝術影展。
黃明川因擔任嘉義國際藝術影展藝術總監認識印度導演拉菲格愛里亞斯，並表示，「愛里亞斯除了是第一位拍攝加爾各答中國城的導演，也在日本住過5年，對其他亞洲國家有長期的觀察與感受。我相信他的能力，他也是很好的攝影師，所以由他組團隊，負責國外拍攝。」雖在《波濤最深處》愛里亞斯主要是攝影，但在黃明川無法配合訪問時，有部分請他拍攝，所以片中的職稱是「合作導演」。
在海外拍攝，工作人員需具備英語溝通能力，但黃明川坦言，因無法在台灣組成全部會說英語的團隊，所以印度、斯里蘭卡與菲律賓等部分，請印度團隊負責，也在當地找人幫忙。片中16位詩人黃明川多半親自訪問，去印度2次、斯里蘭卡與菲律賓各一次。因斯里蘭卡首都可倫坡在西南角，少數民族坦米爾族與穆斯林主要在東北部，為了訪問得長途跋涉，「有點像在台灣從台南安平開車到花蓮，可是公路不好，開車也不方便。」
遠渡重洋所費不貲，黃明川說，《波濤最深處》是拍片以來第一部未開拍就向國家申請補助金的影片。該片前年8月開拍，耗時8個月殺青。雖拿到文化部紀錄片製作補助300萬元，但實際製作費更高，得自掏腰包。
