產疫苗未解盲便獲中央下單，讓政壇和民間的質疑聲浪不斷，疫苗實際效力也備受考驗。彭文君不諱言，「解盲一定有風險，若失敗就由公司承擔後果，政府簽署的採購契約是『訂單』，一旦EUA申請失敗，採購等同失效。」
彭文君強調，中央採購國產疫苗無圖利的問題，因為「6月解盲、7月通過EUA」是聯亞內部早已訂立的目標。他透露，原計畫比照國外，完成一、二期數百人的臨床試驗，再投入大規模三期臨床，但食藥署專家討論改以大規模二期臨床試驗，聯亞配合調整。
彭文君解釋，台灣去年防疫見效，導致國內確診與國外感染人數出現明顯落差，縱使客觀條件不允許三期臨床，聯亞仍以「準三期」規格投入，並針對綜合性抗體和安全性進行測試，「這次解盲將一併公布易發重症的65歲以上長者的測試結果，12至18歲青少年則待EUA通過再進一步試驗。」
「目前全球仍有60億人未接種疫苗，世界衛生組織（WHO）於5月26日討論，通過二期臨床疫苗與完成三期臨床疫苗免疫橋接的可能性，讓中和抗體評估成為認證標準。」彭文君表示，一旦聯亞通過EUA申請，便可從抗體保護力（COP）側算疫苗保護力，國際認可後也能列入準用疫苗。縱使計算標準仍在討論階段，他重申持續掌握最新狀況。
談及聯亞疫苗，彭文君很有信心地說，有別於中國疫苗以病毒培養，導致疫苗有許多不良反應成分，但聯亞是蛋白胜肽技術的高精準設計型疫苗，涵蓋B細胞免疫綜合抗體、T細胞免疫胜肽成分，足以兼顧安全與效果，「聯亞疫苗儲存環境無需冷鏈，僅需2至8度低溫即可，兩劑接種時間相隔29天。」
