有資深庭長指出，因為商業法院是審理民事及股東會案件，不少民事案件，都是跟著刑事案件走，因為疫情期間，刑事案件少，股東會也改成網路線上開或停開，商業法院因此收不到案件；也但也有法官直指，這與疫情無關，因為其他法院在疫情期間，不論是刑事民事，案件還是不少，如今疫情緩和後，案件就報復性爆量進到法院，這法官表示，很羨慕商業法院，每個法官每個月收不到1件案子，其他法院法官每個月都常到收10件以上甚至幾十件。
有資深法官認為，商業法院遇到的窘況，是司改政策失誤，想得太美好而與現實有落差，像是當年設立智財法院，原本預期是以專利、智慧財產案件為主，因此智財法院也大都以民事庭出身的法官為主，但最後進到智財法院的，不少都是重大刑事案件，讓法官、當事人困擾不已，已有司法高層認為，應修法將智財法院的刑事案件回歸普通法院審理。
另有律師指出，商業法院是二級二審，也就是從高等法院等級開始打，最高法院是終審，與一般案件三級三審，從地方法院、高等法院打到最高法院，由於判決結果在各審級法院經常變來變去，原本敗的，上訴就勝了，若到商業法院打官司，二個審級就確定，比一般法院少一個審級，雖然速度快，但當事人打官司先追求勝訴，再講求快速。
一位資深庭長表示，商業法庭的新制非常好，如運用科技審判，所有書狀都以網路系統傳送，還可利用網路遠距訊問審理事件，還有採强制調解程序，重大商業事件應先行調解，另商業法院引進專家證人及當事人查詢制度：當事人可以請專家證人提供意見，這些都是可以提到審判品質效率的好制度，但不一定要開新法院來實施，若落實到各法院也非常好。
依據司法院的統計，全國各法院每年收案量高達337萬件，法官人力僅2,145人，每人平均一年要審1,571件，但商業法院每年只預計審理40餘案，占整體案件量的極少數，卻占用了大量的司法資源。
有資深法官指出，很多基層司法官都覺得，司法院只想以新制、新法院來證明司改有成績，除了商業法院，即將實施的國民法官新制，還有司法院長許宗力全力推動的憲法法院與即將擴編的大法官書記廳，都用掉了許多司法資源，在法官人力不足的情況下，還要預計調用15位現職法官為研究法官擔任大法官高級助理，還看中了司法院與總統府間的空地，想砸大錢要蓋一座全新的憲法法院，將來國民法官與憲法法院會不會步上商業法院的窘況，有待時間驗證。
