《願未央》《我記得》有些相互呼應的脈絡，曾擔任侯孝賢、蔡明亮等導演副導的製片林靜憶經驗豐富，知道上集傳主朱西甯、劉慕沙已逝，拍攝畫面可能受限，所以開始就確立「所有素材上集先用」的原則，下集傳主可隨時拍、場景也能靈活調動。有時一起出外景或訪問，因已有默契、清楚需求，拍得的內容不用另行分配。
拍攝過程中，朱天文形容攝影姚宏易等人組成的侯導團隊如「影子兵團」，因彼此相熟，總是安靜觀察、伺機而動，「你不知道他們什麼時候開機，有時收工後還繼續在拍或收音。好比我在家穿著圍裙向他們介紹以前爸媽寫稿的地方時，他們已開機了。」日常即景、講話互動都在最自然的狀況中記錄下來。「侯導訓練的團隊，把劇情片的拍法用在紀錄片，恪守不擺拍、不設計，就是捕捉。」
影片在中國大陸、台灣、日本等地拍攝約半年後，朱天文、林俊頴分別與剪接師黃芝嘉、邱美惠合作整理素材，但兩組各自面臨關卡。
朱天文認為，她以小說家身分拍小說家紀錄片反而有盲點，「因自己是此中人，對以影像呈現或詮釋小說毫不在意、甚至覺得不必要，更側重拍人與生活反映出作品的背景。」影片前兩、三版，不斷有人提出「文學部分是否太少？」她才放入父親代表作《鐵漿》《八二三注》與未竟的遺作《華太平家傳》等，做為重要提示。
