慢工文化總編輯黃珮珊負責找尋漫畫家，她坦言，由於《來自清水的孩子》是長篇作品，涵蓋90年歷史，需花費時間考證，難度高，不易找到創作者，最後由游珮芸推薦在台東大學攻讀博士的周見信擔任繪師。該作除了自籌經費，還獲文化部120萬元輔導金，以及117萬元的群眾募資。
游珮芸是譯者、作家，之前未寫過漫畫腳本；周見信是以繪本作品為主的插畫家，2人都是「非典型」漫畫創作者，但首度合作《來自清水的孩子》就奪下2021年金漫獎漫畫新人獎。黃珮珊表示，「他們雖沒做過漫畫，但創作經驗豐富，有考證能力與歷練，更適合述說蔡焜霖的故事。」腳本與作畫約各花兩年時間進行，「以1套4冊、共600多頁的作品來說，創作速度已算是非常快。」
此前，周見信的繪本作品如《雞蛋花》也有探討歷史的成分，「但繪本有頁數限制，難以述說長篇故事。」因此他很快就答應擔任《來自清水的孩子》繪師，「這個作品是圖像小說，與日本商業漫畫比較張揚的表現手法不同，我認為我應該可以駕馭。」
游珮芸與周見信在考證上也下足功夫，游珮芸除了訪談蔡焜霖本人及其家人，也爬梳口述歷史以及白色恐怖政治案件審判的公開資料，「蔡前輩會跟我說他記憶裡的認知，後續我必須進一步確認。」
周見信則表示，歷史要具像化不能憑空想像，除了參考游珮芸在腳本附上的參考資訊與圖片，也要自己搜尋資料，「包含不同年代的建築物外觀、人物穿著以及使用的器物，都必須要有根據，以描繪當時的生活樣貌。」他舉例，蔡焜霖就讀台中一中，為了呈現日治與戰後時期不同樣貌的校園大門，還因此去翻閱學校的畢業紀念冊；另外，昭和時期的女性髮型與大正時期的髮型也不一樣，都得盡量確保正確性。
