《來自清水的孩子》腳本作者游珮芸曾旅居日本，對日文相當熟稔，訪談蔡焜霖時能以日文溝通，「加上我也聽得懂台語，可以讓受訪者根據不同的人生歷程及記憶自由轉換語言，訪談上會更盡興。」她強調，語言除了可以表現時代氛圍，同時也代表人物的成長歷程，蔡焜霖歷經日治時期、戰後戒嚴及解嚴後時期，因此決定將對白融合華、台、日3種語言。
為了讓讀者容易理解，每一句台文或日文的對白都會有華語的解釋，在文字框裡同時呈現，以字體大小及顏色區分，讓讀者一目了然。慢工文化總編輯黃珮珊對此表示，這樣的做法可兼顧閱讀的順暢性，「想要體驗台語的可以讀台語，但如果讀台語對你來說太吃力，也可以直接讀華語。」
特別的是，《來自清水的孩子》已售出6種語言版權，海外版本如何呈現原版漫畫多元語言的精神？黃珮珊表示，授權時都會與海外出版社提醒方言在台灣的獨特性，「但每個版本要怎麼做，最後還是讓出版社決定，畢竟他們最了解當地市場。」其中日文版《來自清水的孩子》的台語部分以四國地區的方言翻成四國腔，但在日文漢字之處標註台語讀音，處理方式最為精緻。
