《花落冬陽》製作人日津樹伶及編劇嘯月為夫妻，早期活躍於同人圈，前者為繪師，後者為文字工作者，兩人合作不少圖文作品，也嘗試開發二創同人視覺小說。日津樹伶發現，視覺小說結合圖像、文字和音樂，比傳統漫畫及小說更具感官刺激，玩家還可依據選擇體驗不同的劇情發展，能深入刻劃故事及角色，除了張力強，也比較容易推廣。
《花落冬陽》雛型源自日津樹伶學生時期的短篇小說，「當時我想融合靈異及愛情元素，說一個追夢但不得志的作家故事，後來覺得很適合發展成視覺小說，成為一個更完整、感人的作品。」2015年宣布啟動開發，由於日津樹伶及嘯月都有本業，只能利用下班時間創作，且隨著遊戲規模不斷擴增，耗時7年才完成。
日津樹伶指出，市面上有製作視覺小說的免費軟體，操作不難，因此自己編寫遊戲架構。《花落冬陽》劇本由嘯月主導，兩名外包編劇協助，最終文本量從原先小說的4千字變成37萬字、50張CG插畫及20首原創音樂。
《花落冬陽》以台北為背景，為讓玩家有共鳴，置入不少在地街景及建築。嘯月表示，遊戲核心為「夢想」及「思念」，分別代表兩條主線劇情，共設定9個結局，依主角的選擇有不同發展。日津樹伶透露，身為故事原案，難免與嘯月在編劇上有不同想法，「我會以製作人的角度要求作品，劇情太長怕玩家沒耐心，刪除太多又擔心角色心境的描寫不夠深刻，光打磨劇本就花不少時間。」
對於如何製作多重結局，嘯月表示，一開始先想好兩條主線結局，「編劇過程中再思考，如果主角在某個階段做了什麼決定，故事會怎麼發展，就這樣自然產生。」日津樹伶認為，製作多重結局的挑戰，在於確保每個選擇的結果，在故事邏輯和角色情感上都是合理且保持一致，避免讓玩家感到混亂。
