監察院的調查也發現，法務部法醫所早在2020年12月就發現高醫有誤判毒品狀況，但司法院、法務部及食藥署卻遲至本刊2021年12月中旬披露後才知悉，顯見跨機關橫向聯繫機制不足。
一名院檢人士表示，行政院依《毒品危害防制條例》每3個月公告調整、增減毒品之分級及品項，但如何確保受委託的毒品檢驗機構具備相關鑑驗能力？以高醫將第三級毒品Eutylone誤判為第二級毒品Pentylone為例，根據高檢署資料，Eutylone自2020年2月3日列為第三級毒品，但食藥署同年8月才用電子郵件詢問民間實驗室檢測新興毒品的意願，高醫直到當年11月才取得檢驗所需的標準品並建置檢測方法，等於可能誤判的空窗期長達9個月。
此外，高醫事件後，食藥署雖公布「毒品檢驗機構設置標準及認可管理要點」，但驗毒機構完成初次認可後，增加檢驗項目也需提出申請，可採書面審查或書面審查併同實地評鑑，對此，立法院預算中心「新世代反毒策略行動綱領及其執行成效之探討」研究指出，機制雖可提升檢驗品質，但包含文件審查21日、書面審查56日、實地評鑑估約6個月、缺失改善報告及書面複評45日，完成後提交審議小組審議，所需時程最長可達1年，恐不易即時因應新興毒品快速變化，建議縮短部分審議時程。
司法科學推動聯盟則建議，新興毒品公告後，應同步確認各實驗室鑑驗能力，並盡速設立獨立行使職權的司法科學委員會。
如今，高醫誤判的冤案當事人雖已陸續獲得補償，但因驗毒疏失而使人民人身自由遭剝奪已重創司法威信，政府須滾動檢討驗毒流程及管理機制，以免再釀冤案影響審判的公正性。
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