翁曉玲今（12日）表示，她的提案出發點是希望強化獨立機關的專業與中立性，讓其首長能「去政治化」，並尊重專業。她以運安會、核安會為例指出，這些機關雖屬獨立單位，但首長遴選仍欠缺政治隔離機制，因此應比照一級或二級獨立機關首長的任命方式，藉由立院同意權增加公信力。她並認為，黨產會是否為獨立機關，也值得社會再檢討。
民進黨立院黨團幹事長鍾佳濱在記者會上說，該法僅是規範行政部門可設哪些機關、其數量與員額的通則性法律，翁曉玲的修法內容已逾越該法性質，更侵犯憲法對行政權專屬的保障，建議她應循正規修法途徑，針對具體機關的組織法提出修改，而非透過一部通用法律概括規範。
鍾佳濱強調，依政治學基本原理，人事權與預算權皆屬行政權的一部分，正如立法權專屬國會所有，是「民主ABC」。目前國內二級獨立機關包括國家通訊傳播委員會（NCC）、公平交易委員會及中央選舉委員會，三者均在各自組織法中明定人事任命程序；而二級機關之上的司法院、考試院、監察院等憲政機關，則依憲法及增修條文規定，由總統提名、立法院同意。若要將三級獨立機關比照辦理，應針對其組織法修正，不宜從《中央行政機關組織基準法》著手。
另一方面，國立清華大學近日證實，翁曉玲已不再與該校科技法律研究所合聘。對此，鍾佳濱表示，尊重大學自主與學術獨立，並指出清大學生「應該鬆了一口氣，可以安心上課」。
