消息一出，就有人質疑政府的行為侵犯人民隱私權，人民私密生活以及行動軌跡等遭政府監看、記錄。隱私權以及私密生活等，《憲法》固沒有明文保障，但經過司法院在多號釋字內，明確承認隱私、生活私密領域及個人資料之自主權，屬《憲法》所保障之權利。惟要注意的是，受《憲法》保障的權利不是「絕對不容限制」，《憲法》第23條已經明訂「為防止妨礙他人自由、避免緊急危難、維持社會秩序，或增進公共利益所必要者」，可以法律限制之。《傳染病防治法》第58條第一項第四款對「自感染區入境、接觸或疑似接觸之人員、傳染病或疑似傳染病病人」可以採行如居家檢疫、集中檢疫、隔離治療或其他必要措施」。另第三項要求「入、出國（境）之人員」對這些檢疫或措施「不得拒絕、規避或妨礙」。對於那些不遵守規定的人民，亦即「於防疫期間，受隔離或檢疫而有違反隔離或檢疫命令或有違反之虞者」，《嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例》第八條授權中央流行疫情指揮中心指揮官得指示對其實施錄影、攝影、公布其個人資料或為其他「必要」之防治控制措施或處置。這些蒐證、記錄的內容，可作為防疫措施調整、防止疫情擴散以及日後處罰的依據。
按此，政府對於違反隔離或檢疫命令或有違反疑慮的人，輔以現代科技，例如「人臉辨識比對」「基地台位置確認」「監視攝影器與車牌追蹤」「刷卡記錄」，甚至出動無人機等，蒐集、分析他的行蹤以及接觸史，以確認有無遵守檢疫規定或措施等，可說於法有據。另要注意的是，依據特別條例第八條第二項，避免疫情擴散，對確診罹患嚴重特殊傳染性肺炎病人，亦得為錄影、攝影、公布其個人資料或為其他必要之防治控制措施或處置，可能涉及對於個人極敏感個人資訊（如有關病歷、醫療、基因、性生活、健康檢查及犯罪前科）之蒐集、處理或利用，要特別留心。
最後，縱使疫情當道且有法律依據，也不代表個人的隱私將毫無保留。執法機關僅能於執行法定職務必要範圍內並與蒐集之特定目的相符，並要防止個人資料被竊取、竄改、毀損、滅失或洩漏等。最重要的，疫情之特殊狀況結束後，還應主動刪除、停止處理或利用該個人資料。
