去年9月3日一早，調查局台中市調查處人員持法院搜索票，來到黃運莒位於桃園中壢區的診所，當時診所內坐滿著要等黃醫師看診的病患，見到大批檢調人員上門都感到傻眼，開始議論紛紛。
黃運莒回憶說：「我才剛進入診所，就有人先上前確認我的身分，之後在診所內翻箱倒櫃沒搜到任何東西，便要我交出手機、平板，像是抓到現行犯一樣，在眾多病患面前強制將我押走。」
「當天早上9點半被帶離診所後，先是到市調處接受調查，晚上又被送到地檢署訊問，一直到約晚間10點半交保離開，就只有中午吃了一個便當，整整超過12小時的馬拉松式審問，難道不算是一種虐待嗎？」黃運莒憤憤不平的說。
更讓黃運莒無法接受的是，在他晚間交保步出地檢署不到半小時後，就有媒體以「牙醫竟成吸金集團業務」之類的斗大標題，把他的全名、照片及詳盡的偵辦內容刊登在網路上，讓他感到氣憤不已。
黃運莒質疑：「不是說偵查不公開嗎？要我交保無所謂，案件調查就是這樣，但在全案還沒釐清之前，為何媒體能掌握我到地檢的時間拍攝照片，還可以把偵辦內容寫得那麼清楚？難道不是檢調方面有人私下透露的嗎？」
而就在黃運莒被逮捕約談的消息曝光後，原本就已分居多年的老婆，趁機要求離婚，黃運莒無言以對，只能同意並分出房子一半產權，還支付了千萬贍養費，貸款銀行更打來要求他提早還清欠款，等同是要抽他銀根，包括同學、友人、病患遇到他，則都會以不屑口吻質問為何會加入詐騙集團，種種生活上的打擊，搞得他最後只能求助身心科，靠藥物入睡。
如今雖然司法已經以不起訴處分還他清白，但曾經被貼在身上的犯罪者標籤，卻依然如影隨形的跟著他，黃運莒生氣的表示：「司法體系這種大街抓人、小巷放人的戲碼，我絕對不會是最後一個受害者，政府應該拿出魄力，好好整頓這些侵害人民權益與尊嚴的執法人員。」
