片中主要場景「北臺聯合醫院」，是由4所廢棄醫院取景而成。林君陽解釋，因大廳封院的戲需要拍一個星期，營業中的醫院不可能出借，所以改找廢棄醫院。在藝術指導黃美清率領的美術團隊重新改裝下，藉統一的標示系統、視覺風格等，融合成一家有大廳、病房、急診室等的大醫院，連建築外觀也符合8、90年代特色，到SARS發生時，已經有10年到20年歷史的感覺。
監製李耀華透露，比較傷腦筋的場景是戲裡的急診室大樓，當時選定台中一所廢棄醫院，美術圖也已完成，準備施工改裝，但就在拍攝前3週忽然傳出要拆除，只好緊急請市長協調，延後1個月。原本這場戲安排在最後拍攝，為此改在第一週拍，導演林君陽壓力也很大，因為深怕萬一漏拍什麼畫面，想回頭重拍，也因場景拆除無從補救，幸好一切順利完成。
《疫起》製作宣發預算約6500萬至7000萬元，從籌備、拍攝到上映，歷時3年多，橫跨台灣新冠肺炎疫情的起落。林君陽坦言，疫情深深影響他的創作思考。2020年籌拍初期疫情剛發生，對未知的恐懼讓他直覺想專注於記錄恐懼。到2021年不斷修改劇本期間，是台灣守住疫情、期待『加零』的時候，劇情不知不覺想向醫護致敬。
到2022年開拍前最後修本之際，烏俄戰爭開打，林君陽看到遠方戰火，覺得故事有另一個層次，它不是只講SARS、或新冠疫情，而是泛指一切生命中突如其來的災禍。「這部電影上映時，台灣已走出疫情陰霾，我在影片最後留下一道陽光，希望大家記得經歷的事情，但要繼續往前看。」
