國會職權修法爭議，在賴清德就任總統之後成為朝野攻防的焦點，執政的民進黨已經開始沙盤推演最壞狀況，一旦立委擴權法案在藍白席次優勢下通過，將立即聲請憲法法庭判決及暫時處分，若大法官裁准，有違憲之虞的法律半年內將暫不實施。
29立委簽字 即可聲請
《憲法訴訟法》第47條規定，國家最高機關（總統及行政、立法、司法、考試及監察五院），就本身或下級機關所適用之法規範，認有牴觸憲法者，得聲請憲法法庭為宣告違憲之判決。
至於個別立法委員能否聲請，《憲法訴訟法》第49條規定，立法委員現有總額1/4以上，就其行使職權，認法律位階法規範牴觸憲法者，得聲請憲法法庭為宣告違憲之判決。目前立委席次113席，只要有29位立委簽字即可聲請。
如果情況緊急，聲請人還可聲請暫時處分，由大法官裁定有違憲之虞的法律半年內暫不實施。
憲法法庭一旦認定違憲，除可判決宣告法律立即失效，不再實施，也可判決法律定期失效，期限最長二年，即二年後失效，也可判決溯及失效，日後若有當事人被立法院認定違反立院調查等規定，依「藐視國會罪」處罰，當事人即可聲請再審或非常上訴。
一旦宣告違憲 名存實亡
憲法法庭可針對法律有無違憲進行審查，被審查的是法律，也就是要經立法院三讀通過後，由總統公布實施的法律，目前還未完成三讀程序的條文及花東建設條例等，仍不是憲法法庭審理的對象。
2004年3月19日，時任總統的陳水扁在競選連任掃街途中遭槍擊，國民黨與親民黨立委合作，利用席次優勢，在當年8月24日通過〈三一九槍擊事件真相調查特別委員會條例〉，連任的陳水扁在一個月後公布實施，當時的立委柯建銘等93人，隨即聲請大法官解釋。
在真調會條例三讀通後3個月又22天，大法官雖認定國會有「行政調查權」沒有「司法調查權」，但真調會條例讓委員有偵查權、裁罰權、不受任何法律限制之權、調查所得可提再審等，全都違反《憲法》權力分立及正當法律等原則而宣告無效，真調會形同「名存實亡」。
新國會未議即決 律師界不滿
對於立法院可能通過違憲的法律，台北律師公會及律師全國聯合會等法界也提出批判。
台北律師公會指出，立法院這次審查國會改革等法案過程，缺乏各政黨實質討論，甚至沒將草案內容公告周知，已完全剝奪人民對重大議題參與審議的對話機會，且院會表決過程更經立法院長裁示以逾30年未使用的舉手表決方式進行，議事程序紊亂，違反程序正義。
律師全聯會也表示，立法院通過法律案、預算案應先進行「議」，也就是「討論」的程序，才能夠「決」，但國會改革等案未經實質討論，更未有實質審查，即強行進入院會表決，立法院為人民議決法律案、預算案等憲政功能，顯然未能發揮，違背民主憲政及民意政治的基本原理。
