儘管農委會說，2020年至今停灌、休耕範圍僅占全台水稻種植面積2成、並不影響稻米供應，但動不動中斷生產，並不利於像田守喜這樣長期投入、自產自銷的小農，「我辛苦經營的這些消費者改跟別人買，以後要把他們找回來，又是一段路程……，而且我得留下種子，有好的基金，明年才能育成好的苗，如果停灌，稻子乾死，就都沒有了。」
政策打擊生產 農戶陷斷層
「我們台灣農業人口老化（註：立法院法制局2019年報告指出，台灣農戶經營管理者平均年齡63.52歲，52.19％超過65歲以上），希望青壯年加入，但是政府只要碰到乾旱就要農民放棄作物，大家哪還敢進農業？」逢甲大學水利工程與資源保育系教授陳昶憲提醒，農業短期對缺水的忍受力強，短期或許可調度農用水應急，但面臨極端氣候時，若屢屢靠犧牲農業用水換取工業、民生穩定，恐加劇農業人口流失。
「動不動就停水，農民生產意願降低，長期對農業部門會有很大的殺傷力。」台大農藝系榮譽教授郭華仁進一步指出，農業若持續不穩定，會降低農民、特別是青農的生產意願，當產業不再有新血注入，將降低台灣自主生產糧食的能力。儘管現在許多糧食都靠進口方式補足，但「現在買得到、不代表以後都沒問題。」「政府應該用1、200年的視野來看待這個問題，絕對不可以過度仰賴進口。」郭華仁說。
2020年12月，北台灣連續溼冷數週，但雨水卻沒降在需要水的地方。北、中部水庫存量持續探底，為了儲備用水至2021年梅雨季，中央旱災應變中心陸續宣布新竹、苗栗、台中、桃園1期稻作停灌，總計停灌面積達7.5萬公頃、創20年來新高，政府也預計將為此發出70億元的停灌補償。
