然而，測謊真的「準」嗎？就作為刑案的證據來說，測謊最常被質疑的，是人的生理、心理及情緒等狀態隨時都在變化，即使同一人、同樣題目，在不同時間施測便會出現不同結果，不會出現兩次一模一樣的圖譜，它不像DNA、指紋鑑定、毒品鑑定等證據具有「再現性」。
若再談到測謊本身的原理，就更缺乏足夠的嚴謹度了。政治大學法學院副教授劉宏恩解釋，測謊儀器其實不具備什麼高深科技，「它就是普通的可測量心跳脈搏、血壓、呼吸頻率、皮膚電阻（手汗潮溼程度）的低科技儀器，將上述功能整合在同一台而已。」他說，儀器英文是polygraph，意思是「多重圖線儀」，可呈現上述生理反應的數值，國內卻翻譯成「測謊器」，很容易導致誤解。
同時有台大心理學、法學雙學位的劉宏恩，過去曾替司法院的法官學院講授「司法心理學」課程，內容即包括測謊的心理學原理、與測謊的問題，劉宏恩解釋：「儀器測到的只是心跳、脈搏、血壓、呼吸、皮膚電阻的數值，然後用這些數值來推論當事人有沒有焦慮、緊張、害怕的情緒，再用有這些情緒，推論當事人是說謊。」
他說，因此測謊過程中一共做了兩次「推論」，也就是，測謊器測到的東西，與「謊」隔了兩層，每一次的推論都包含著不一定，也有可能推測錯了。
劉宏恩解釋，例如第一階段的推論，「有某些生理數值變化，是否就一定代表焦慮緊張害怕？並不一定，可能是因為個人身心疾病等狀況，另一方面，即使原本可能有情緒的人，透過『生理回饋 (biofeedback) 訓練』，也可以讓儀器測不出數值變化。」
再到第二階段的推論，「即使當事人真的有焦慮緊張害怕等情緒，也真的被儀器測量到數值變化，但是否就是因為說謊才導致有這些情緒？也不一定，有可能他被問到他被冤枉指控的部分，就特別焦慮害怕，或是他一直擔心萬一自己回答不好就完蛋了，於是很焦慮緊張地回答關鍵問題。」
劉宏恩說，上述「隔了兩層」的可能誤差，正是心理學界從原理上經常質疑所謂測謊的原因，國際上最重要的心理學專業組織「美國心理學會」（American Psychological Association, APA），歷年來便多次公開質疑測謊的效力。
劉宏恩說，也因為測謊原理當中的兩個「不一定」，「測謊是可以被呼弄過去的，我在美國唸書時，就看過購物頻道在販售《如何通過測謊》的光碟課程，今天在網路上也買得到，還有個人教練幫當事人親自指導和練習。在美國司法實務上，也有許多罪犯買過這些訓練課程、事先練習，也真的有人因此通過測謊。至於美蘇間諜戰中，曾經有雙面間諜通過多次測謊的案例，那就更有名了。」
原理上的根本漏洞，讓測謊的準確度一直備受質疑。監察委員王美玉、仉桂美便曾針對台灣的測謊實務進行調查，最後由監察院於2018年出版厚厚的調查報告《測謊之亂，人權之失》，這本報告除了探討我國測謊實務的諸多缺失，也談到美國及德國司法對於測謊的立場。
報告中提到，即使廣泛運用測謊的美國，也僅容許測謊用在偵查階段，至於審判階段，大多數的聯邦法院、州法院都不容許將測謊結果作為證據，美國軍事法庭證據規則第707條更明文規定不容許測謊結果作為證據。
德國更嚴格了，連偵查階段都不採用測謊，德國認為測謊不但在科學上沒達到具有證據價值的標準，也侵害了憲法（《德國基本法》）保障的人性尊嚴與人格自由，因為測謊是用儀器去探測人的非自主生理反應，宛如「對人性的透視」；同時，測謊還違反「被告不自證己罪」的原則。
我國呢？除了測謊在原理上的兩層漏洞，測謊人員的專業度、施測過程是否按規定嚴謹操作…等，更是備受爭議。偏偏，不只檢警調等偵查單位越來越愛用測謊，造成測謊案件量大增，法院也不時將測謊當成犯罪證據之一，直到近年，幾樁終獲平反的重大冤案，才慢慢掀開測謊曾多次出包、間接釀成冤獄的陳年黑幕。
因此，2017年的司改國是會議便曾針對測謊進行討論，依司法院網站的資訊，司法院在2019年就提出修法草案，增列《刑事訴訟法》160條之1，明定「測謊之結果不得作為認定犯罪事實存否之證據」，意即測謊不能用在法庭上當成證據；但仍然容許偵查機關（檢警調）將測謊作為偵查手段，藉以排除或指出偵查方向。
只是，司法院這項修法草案送到行政院後躺了快2年至今，因為法務部一直反對。
對於司法院這項修法，劉宏恩表示肯定，他說，在英美法系與大陸法系的重要國家，即使測謊人員的技術與測謊訓練都發展得較好，法院仍排除測謊的證據資格，而我國測謊人員的訓練和標準作業程序嚴謹度不如美國、德國等紮實，「測謊也多次發生錯誤，造成冤獄，還出了人命（江國慶冤殺案），這種情況下，法務部竟然還要堅持超越美國、超越德國，一定要繼續維持將測謊作為刑事審判證據，似乎沒有足夠的說服力。」
