本案起源於檢察官指控馬英九等3人在處理華夏、中視、中影、中廣等股權交易，以及出售舊黨部大樓時，涉嫌以低價出售資產，並透過複雜的財務設計（如「天龍八步」）掩蓋不公平的交易條件，致使國民黨及相關控股公司蒙受巨額損失。
二審合議庭審理後認為，相關交易背景與程序均具備商業合理性。理由指出，當時處分媒體股權是為了遵循《廣電法》中「黨政軍退出媒體」的法規期限，具有其法理上的正當性與急迫性。高院認為，中投公司在各項交易中均有委請會計師評估，並經董事會程序確認，難謂違反內控規定。針對備受爭議的中影與中廣案，法院指出，中影案在當時確實缺乏其他買家，且合約中已納入不動產利潤分享機制以維護公司權益。而中廣案中，趙少康不僅是出價最高者，其交易條件亦未劣於其他潛在競爭者。對於外界質疑中廣非廣播部門資產未能收回一事，法院則認為這是由於NCC後續行政處分的變數，並非被告在簽約時所能預料範圍。
至於舊黨部大樓（現長榮海事博物館）的買賣，合議庭認同原審見解。該地段因土地使用受限且附加公益用途，導致購買意願低落，國民黨在考量特殊限制下以議價方式出售，並未違反內部規範，亦無背信主觀犯意。高等法院合議庭總結，檢察官的上訴理由仍僅持其個人評價，未能提出足以推翻原判決的新事證或證明力，亦無法證實中投公司確實受到損害。在經驗法則與證據取捨合法的情況下，應予維持無罪。
針對此項判決，檢方於回應中首要強調，三中案「不法暴利進入特定人的私囊」，造成中投、光華公司相關損害高達新臺幣72億9,174萬餘元。檢方表示，經過臺北地檢署起訴以後，這些不法利得及物品已陸續返還國庫，目前總價值高達近24億元。其中，黨產會經依起訴書認定之事實，於2021年9月17日與中影公司達成和解，讓中華民國國庫向中影公司取回9億5千萬元，並追回「梅花」、「八百壯士」、「飲食男女」、「人間四月天」等330部屬於國人共同記憶之電影、戲劇作品版權返還國庫。檢方指出，依中影公司於2005年8月間之勘估結果，影片總值高達14億餘元，兩者總價將近24億元，對國家實質利益及無形文化資產的價值無法估計，起訴該案符合社會公平與正當性無庸置疑。
檢方感嘆「時間雖然會讓國人淡忘事實的真相」，並指出上訴二審審理期間長達4年，2018年7月9日臺北地檢署起訴三中案事證詳盡。當時臺北地檢署以全文762頁、51萬餘字之起訴書詳述全案犯罪事實，並檢附全案卷宗3百餘宗、扣得之文件資料246宗及錄音光碟數百片。檢方表示，為釐清事實，將陸續把相關事證、起訴書、一、二審補充理由書、論告書及上訴書等數千頁以上的內容依法刊登網路，在公開透明的陽光下，歡迎國人上網詳閱並自為公評。
針對高院所採納的「廣電法急迫性」理由，檢方提出嚴厲駁斥，指稱被告馬前總統等處分三中案時並無急迫性。檢方說明，依《廣電法》規定，國民黨及黨營事業當時並無退出媒體經營急迫性，例如政府公股亦係於法定期限後始退出台視、華視經營。檢方更引述證據指出，馬前總統於2005年12月28日國民黨第17屆中常會第16次會議，曾明確表示：「儘管法律上並沒有明文規定，……所以我們沒退出也沒關係。」相關事證均已詳載於起訴書，但二審判決卻對此視而不見。
檢方進一步主張，三中案不僅係不當處分國民黨黨產問題，更是對國家社會資源與財產公平正義的重大戕害。中投與光華公司於案發時為資本額分別高達349億及132億元的公開發行公司，負有依法經營之社會責任，其資產並非國民黨所私有。且兩家公司長期向金融機構借款並向社會大眾籌集資金，至交易前夕債務未清償餘額高達百億元。檢方認為，該二公司之財務狀況及財產處分事項，除了與股東利益相關，更涉及公司員工、債權人及一般投資大眾權益，其資產處分足以影響證券市場穩定及社會金融秩序。
對於高院駁回上訴的判決，檢方認為，被告等人非常規交易的行為確使特定人獲取不法暴利，並使中投等公司蒙受巨額損害。檢方指責二審判決對於起訴書及蒞庭補充理由書中所列之明確事證，「均避重就輕或略而未論，令人遺憾」。本案雖然二審宣判無罪，依據《刑事妥速審判法》第9條規定，若檢察官能證明原判決違背憲法或判例等特定事由，仍得提起上訴。此案高院審判長為曾淑華、陪席法官陳文貴、受命法官李殷君。
