在這部紀錄片開拍之初,蕭菊貞已確認要透過影像留住南迴全線電氣化前的身影,但她因緣際會認識許多鐵道員、司機員,「這讓我很興奮,想說,可不可以從鐵道員與司機員的視角去看這條鐵路。那時就去申請拍他們,開始一直跟拍,也跟維修鐵道的人,拍攝修鐵路。因為常在火車上跟司機員走,因此有段時間選用《南迴鐵道員》的片名向國藝會申請補助。」但拍著拍著,延伸更多人、內容更豐富,「拍到後面,也不是可以用《南迴鐵道員》可以涵蓋,所以必須修改片名。」
「改片名時,我一直想,要用什麼片名?我反問自己,讓自己感受最強烈的是什麼?就想到《南方,寂寞鐵道》。很多人喜歡這個片名,可是也有人半開玩笑問:『你這片名要不要賣片呀?會不會太感傷?』可是我在南迴線時常有那種感覺,因為除非是假日,或後來藍皮普快車即將停駛前那段時間,才湧進很多人,大多數時間,南迴線的人都不多。」
蕭菊貞曾在南迴線上的小站蹲點,往往一個下午只有2、3個旅客。她知道南迴線人真的很少,但又不能沒有它。「如果沒南迴線,就像很多鐵道人說,台灣環島線這個『圓』就少一塊,而且南迴還有國防的需求。過程中慢慢體會到南迴線是多麼特別的鐵道,不能沒有它,但它又那麼寂寞。」不過在有趣或是感人的人物、故事一個個出現,蕭菊貞對於南迴線又有另一番看法,她心中的南迴線自有特殊風情,而且充滿歷史,也許某些小站顯得寂寞,但整體來看絕不孤單。