林啟東等居民與環保團體成員潘翰聲等人認為，《兩公約》保障「人民相當生活水準權」，台北市政府為BOT案主辦機關，具有共同開發行為的性質，依《環評法》規定，環評與都審過程中，機關代表應迴避參與表決，但2011年與會的林麗玉是北捷運董事，已有偏頗之虞，環評審查結論顯有重大瑕疵，此案開發許可相關的都審核備及建造執照均有瑕疵，應一併撤銷。
此外，林啟東等居民也認為，台北市政府2003年臺通過大巨蛋案特定專用區的主要計畫及細部計畫，均將松山菸廠土地變更為「台北文化體育園區特定專用區」，但2010年12月9日送審的規劃內容，體育園區範圍內商業量體遠超過體育量體，顯違反《都市計畫法》規定，依這樣的都審結果申請的大巨蛋建造執照，也一樣有瑕疵，應撤銷。
高等行政法院認為，大巨蛋案都審會委員並沒有應迴避而未迴避的情況，因為台北市府轄下各機關代表委員，均是本於其獨立、專業職權，為台北市的都市設計及土地開發案件依法進行審議把關，至於大巨蛋都審案是否與文化體育設施使用為主的目標不符，應由台北市都審會就開發案內容整體觀察後綜合評價判斷，大巨蛋建照核發時，並沒有不當。
關於居民認為，大巨蛋開發案對忠孝東路車道的規劃，將影響附近交通，法官認為，遠雄公司在大巨蛋基地內，將原本進、出各3車道，修正規劃為2進3出車道，是在減少由逸仙路進入至忠孝東路四段553巷車流，是出於疏解交通規劃相關事物的考量，並沒改變原來車行系統的動線規劃，並未違法。
對於居民與環團成員要求撤銷都發局核發的大巨蛋建造執照，台北高等行政法院認為，台北市政府在辦理大巨蛋都審等程序並沒有居民所指出的違法瑕疵，相關建築物防火避難性能設計與計畫書及評定書，也都經內政部認可通過，符合建築法防火及避難設施要求的效力，北市都發局核發建照，並沒有違法，因此駁回林啟東等人的請求。
