「中油除了蓋棧橋，工程中還要蓋臨時棧橋、放水底沉箱，挖掉的藻礁面積絕對超過30公頃，」潘忠政不滿地說。而除了面積，目前一號橋墩的位置距柴山多杯孔熱區僅50公尺，開挖過程回填泥沙，就已導致週遭藻礁被沙埋，「我們基本上還是希望做到藻礁零損失…這裡的生態是全球最特殊的，連保護都來不及，怎麼還在說割一點沒關係？」
中油則強調，再外推方案不填海造陸、也不挖航道，棧橋以大跨距方式興建，總共只需七座橋墩，加上臨時施工用的便橋，蓋在藻礁上的面積僅0.4公頃；至於外海的防波堤，則設在離岸超過1.2公里遠，已透過多音束測探儀、側掃聲納等方式，確認水下沒有藻礁存在。
而即使中油將開發面積降到最低，保育者仍擔心，在海岸邊興建人工設施，會改變水流及漂沙，進而改變當地現有的藻礁生態系。「藻類對水流跟沉澱物很敏感，只要一點點變化，就可能造成舊藻類消失、新的藻類出現，」東海大學生態與環境研究中心副教授劉少倫說。
為瞭解三接將如何影響大潭海岸，中油委託成大水工試驗所，在人工水池裡建造等比例縮小的三接模型，模擬大潭海岸的漲退潮水流，結果確認，離岸堤內的海流，會隨漲退潮引發束縮效應（指水流通過堤防與海岸間時，因空間變窄而加速），並不會造成海岸潮間帶泥沙淤積。
中央大學水文與海洋科學研究所教授錢樺認為，水工模擬結果，大致可確認再外推方案，影響海岸程度較前一版方案低，但仍不能排除氣候變遷及河川流速改變等環境因素作用。
但生態系的組成比水和沙更複雜。劉少倫直言，水工模擬能推算水流變化，卻無法計算生態演變，必須等到「事情發生」、也就是三接蓋好後才能得知，屆時影響卻也可能無法逆轉。「至少需進行10年生態調查，才足以了解藻礁如何演變。」劉少倫說。
生態模擬需要長時間的觀測研究，但諷刺的是，台灣環境和生態長期缺乏基礎調查，往往都等到人為開發在即，才有資源投入調查。中油環保處副處長黃志堅說明，三接興建後，中油會持續監測當地生態狀況，若有淤積，會在諮詢專家後進行抽砂，盡可能維持海岸原本樣貌。
錢樺認為，中油為回應質疑，在大潭海岸進行了過去其他開發案中少見的海床調查和水工模擬，但科學仍有極限，「要從幾毫米的沙子推算幾公里的沙灘變化，過程引入很多簡化的經驗公式，就會導致不確定性，」錢樺直言，面對未知，最終抉擇，仍回到每個人如何看待生態和環境，「有人覺得藻礁一分一毫不可以動，有人覺得人類的生活跟經濟發展更重要，這無所謂對錯。」
用一段海岸線潮間帶生態的不確定性，換得減空污、滿足未來的電力來源，是否值得？劉少倫悲觀地認為，台灣過去為了經濟發展，已經很大程度改變了生態環境，「在知道三接到底對藻礁是好是壞前，還是應該最大程度保留台灣的自然海岸線。」
蠻野心足生協會律師蔡雅瀅也在公投辯論時，強調三接應選址於沒有藻礁的海域：「如果我們人類只重視短視性的經濟發展，認為可以在發展過程中掠奪生物的棲地，有一天可能面臨自然反撲，反而是人類的棲地被掠奪。」
蔡雅瀅批評，要穩定供電，可靠儲能、調度等方式因應，並非沒有三接、就代表要多開燃煤電廠；而政府若要減碳，應將投資於天然氣上的經費，改投入發展再生能源。
